A la fin du mois de juin, la Suisse a condamné une première fois toute utilisation de la violence en Yougoslavie. A cette occasion, le DFAE a déclaré qu'il soutiendrait toutes les initiatives, dans le cadre de la CSCE, visant à atténuer la crise. Face à l'évolution des événements durant l'été, le Conseil fédéral a ensuite fermement condamné l'action de l'armée fédérale en collaboration avec des troupes serbes sur le territoire croate et s'est associé aux sanctions prises par la CE à l'égard de la Yougoslavie. Les autorités helvétiques sont revenues sur leur intention de négocier un accord de libre-échange avec la Yougoslavie et ont résilié la participation de la Suisse au fonds de l'AELE en faveur de ce pays. Les propos très sévères du chef du DFAE à l'encontre des serbes ont fait réagir très vivement l'ambassade de Yougoslavie à Berne qui a déclaré que la crédibilité de la neutralité helvétique était mise en cause. La Suisse a par ailleurs offert à plusieurs reprises ses bons offices dans la recherche de la paix.

Le Conseil fédéral a condamné vigoureusement les agressions commises par des éléments serbes contre les populations de Bosnie-Herzegovine. Il s'est également rallié de manière autonome à l'embargo commercial, financier et aérien adopté par le Conseil de sécurité de l'ONU à l'égard de la Yougoslavie (Serbie et Monténégro). L'ordonnance édictée par le Conseil fédéral prévoyait toutefois une exception pour ce qui concerne l'aide humanitaire et le versement de prestations sociales aux personnes des régions concernées. Par la suite, les mesures de l'embargo ont été renforcées et le DFAE a sommé les organisations culturelles et sportives d'interrompre leurs contacts avec ce pays. A la fin du mois d'août, le Conseil fédéral a condamné une nouvelle fois les violations du droit humanitaire international dans l'ex-Yougoslavie et la pratique dite de l’«épuration ethnique» dans la république de Bosnie-Herzegovine.

Après la décision du Conseil de sécurité de l'ONU de renforcer les sanctions à l'égard de la République fédérale de Yougoslavie, anciennement la Serbie et le Monténégro, le Conseil fédéral a décidé de participer de façon autonome à ces nouvelles sanctions. Celles-ci concernent notamment l'interdiction du transport de personnes par des véhicules à moteur de plus de neuf places en provenance et à destination de l'ex-Yougoslavie, de l'importation et du transit de marchandises en provenance de l'ex-Yougoslavie ainsi que le blocage des fonds appartenant aux autorités et aux personnes morales yougoslaves. La Suisse s'est également associée aux missions de surveillance de l'application des sanctions contre la République fédérale de Yougoslavie.

Afin d'obliger les Serbes de Bosnie à accepter le plan de paix présenté par le Groupe de contact, le Conseil de sécurité de l'ONU a étendu les sanctions appliquées à la Serbie et au Monténégro au territoire de Bosnie-Herzégovine contrôlé par les Serbes et les a encore renforcées. Le Conseil fédéral a décidé de se joindre à ces nouvelles mesures de façon autonome.

Suite à la signature de l'Accord de Dayton sur l'ex-Yougoslavie, l'ONU a décidé de suspendre les sanctions économiques contre la République fédérale de Yougoslavie (RFY-Serbie et Monténégro) en vigueur depuis 1992. La levée de l'embargo à l'encontre des régions bosniaques encore contrôlées par les Serbes a quant à elle été subordonnée au retrait des troupes de l'armée bosno-serbe par-delà les frontières définies par l'accord de paix. S'étant associées aux sanctions décrétées par les Nations Unies dès le début du conflit, les autorités fédérales ont adopté une disposition similaire. En outre, le gouvernement fédéral a décidé de permettre le transit sur le territoire suisse de troupes et de matériel de guerre destinés aux forces de maintien de la paix en Bosnie-Herzégovine, conformément à une requête de l'OTAN. Le chef de la diplomatie helvétique a tenu à souligner que cette autorisation sans précédent ne remettait nullement en cause la neutralité du pays, puisque le conflit yougoslave était terminé.

Quelques semaines après que la Suisse eut officiellement reconnu la République fédérale de Yougoslavie (RFY), le Conseil fédéral a décidé de lever définitivement les sanctions économiques à l'encontre de la RFY dès la mi-décembre. En vigueur depuis 1992, ces mesures de rétorsion décrétées par le Conseil de sécurité de l'ONU et adoptées par la Confédération à titre autonome avaient déjà été suspendues en 1995.

A l’instar de l’UE, l’OFAE a préparé toute une série de sanctions économiques contre la Serbie et la République fédérale de Yougoslavie du Président Slobodan Milosevic, dont notamment le gel des avoirs. La Suisse avait auparavant déjà pris des mesures concernant les exportations d’armes ou la GRE. Par contre, Berne a renoncé à s’associer à l’embargo aérien contre la Yougoslavie appliqué par l’UE. Par ailleurs, la diaspora kosovare en Suisse a également fait l’objet de sanctions de la part du Ministère public qui a bloqué plusieurs comptes bancaires. Des mesures qui n’ont guère été appréciées par le gouvernement kosovar clandestin qui a prié Berne de lui rendre son argent, destiné selon lui a à des opérations humanitaires. La diaspora a en effet été soupçonnée d’avoir abondamment alimenté l’Armée de libération du Kosovo par des transferts de fonds et des envois de matériel de guerre. Un réseau qui approvisionnait la guérilla albanaise en armes et munitions a été démantelé.

En fin d’année, le Conseil fédéral a allégé les sanctions à l’encontre de la Serbie. S’alignant sur les décisions de l’UE, il a levé le gel des avoirs des gouvernements yougoslave et serbe, ainsi que celui concernant les entreprises contrôlées par ces entités. La liste des personnes à qui il est interdit de fournir de l’argent a été réduite de 800 à 620 noms. A l’origine, plus de 100 millions de francs étaient bloqués en Suisse.