Première étape de leur réforme, les CFF ont décidé de transférer vingt centres régionaux «Cargo Domicile» vers des centres plus importants, ceci dans le cadre d'un programme de restructuration visant à sortir ce service des chiffres rouges. En outre, celui-ci a été engagé sur la voie d'une privatisation partielle, une société regroupant diverses entreprises suisses de transport ayant été créée afin d'en négocier le principe et les modalités.

Les CFF ont décidé de réformer le service Cargo-Domicile. L'objectif central de la régie est de tripler la part des colis acheminés en moins de 24 heures (de 30% à 90%) et de réaliser une économie de CHF 92 millions par année. Pour ceci, outre la transformation en une société mixte, Cargo-Domicile devrait voir son nombre de centres régionaux passer de 76 à 16, ceux-ci devenant interconnectés sans transbordement. D'autre part, l'informatique devrait avoir une place plus large dans la gestion du système. Ces changements devraient condamner environ 600 emplois d'ici 1995. Cette réforme est devenue effective en milieu d'année et n'a pas manqué de soulever les protestations des syndicats de cheminots et d'organisations de protection de l'environnement.

Les CFF ont vendu leur part (76%) du capital-actions de la société de transports Cargo Domicile à trois gros transporteurs routiers alémaniques, associés au sein du groupe Transvision. Cette décision de privatiser totalement la société a été justifiée par la direction des CFF eu égard aux pertes que celle-ci n'avait cessé de connaître.

Pour sa part, le Conseil national a transmis un postulat du groupe radical démocratique qui entend ouvrir le débat sur la réforme des CFF. Selon ce texte, la situation économique de la régie nécessite une remise en question de son rôle et de ses structures. Le gouvernement doit ainsi élaborer un rapport sur le sujet ayant pour objectif notamment d'étudier des scénarios tels que la privatisation des CFF, l'abolition du statut de fonctionnaire pour les agents des CFF ainsi que la séparation des activités des CFF en un domaine géré par eux-mêmes et soumis aux lois du marché et en un domaine où ils rempliraient, aux frais des collectivités publiques, des prestations particulières.
Par ailleurs, une expertise menée par le professeur zurichois E. Rühli sur le partage des compétences au niveau de la direction des CFF a conclu qu'une répartition plus stricte devait être effectuée. Ainsi, le domaine politique devrait être de la compétence exclusive des Chambres et du Conseil fédéral, tandis que la direction générale des CFF devrait se consacrer uniquement à la gestion de l'entreprise.

Pour A. Ogi, si une privatisation doit avoir des limites et ne pourrait être que partielle, il ne serait pas exclu de céder certains trafics régionaux à des chemins de fer privés, d'ouvrir certains réseaux à d'autres prestataires que les CFF (notamment à des sociétés européennes) et de remplacer certaines lignes ferroviaires par des autobus. Un groupe de réflexion a d'ailleurs été mis en place par le Conseil fédéral pour étudier d'éventuelles formules de privatisation partielle, reconsidérer le statut des fonctionnaires, formuler un nouveau mandat de prestations et proposer des solutions pour une meilleure rentabilité du trafic régional.

Le Groupe de réflexion sur l'avenir des CFF institué par Adolf Ogi et présidé par F. Mühlemann, secrétaire général du DFTCE, a rendu son rapport final. Selon lui, une réforme de la régie serait devenue indispensable, les coûts qu'elle occasionne à la Confédération et le niveau de son endettement (CHF 13 milliards; 30 milliards en l'an 2000) n'étant plus guère supportables. Les experts ont estimé que les CFF devraient se recentrer sur les activités pour lesquelles ils sont le mieux adaptés. Cela signifierait notamment l'abandon d'une vingtaine de lignes régionales non rentables et le transfert partiel des charges du trafic régional en direction des cantons, le réexamen des secteurs du trafic de marchandises qui ne couvrent pas leurs coûts et l'élagage du programme Rail 2000 (Au parlement, les projets de suppression de lignes ont également soulevé quelques craintes: voir en particulier les interpellations Aubry (prd, BE) (Ip. 93.3049) et Seiler (udc, BE) (Ip. 93.3185)). En outre, certaines activités pourraient être privatisées. L'entreprise même pourrait changer de statut et devenir un holding jouissant d'une liberté d'action accrue. Les propositions du groupe de réflexion devraient occasionner quelques substantielles économies (au moins CHF 500 millions par année), mais toucher d'une manière ou d'une autre entre 3'000 et 7'500 emplois.

Les réactions des partis ou organisations furent dans l'ensemble favorables aux conclusions du rapport. En particulier, la direction des CFF a déclaré en soutenir l'essentiel. Notons cependant l'inquiétude des régions concernées par la fermeture de lignes, notamment l'arc jurassien. En outre, la Fédération suisse des cheminots s'est inquiétée des conclusions du rapport et a vivement critiqué ses auteurs. Selon elle, si on appliquait les propositions faites, la régie serait démantelée et 3'000 emplois disparaîtraient (devant le syndicat, Benedikt Weibel, p.d.g. de la régie, a prétendu que la sécurité des postes de travail serait garantie). Elle a relevé le manque d'idée du groupe de réflexion, notamment en matière de trafic régional, et s'est opposée a toute tentative de privatisation.

Dans sa prise de position sur le rapport, le Conseil fédéral a voulu calmer ces inquiétudes en déclarant qu'il n'entendait pas démanteler les CFF ni l'offre de transport régional, mais les rendre plus efficaces. C'est sur la base du travail des experts qu'il entend proposer aux Chambres une nouvelle conception directrice pour les CFF qui trouve un consensus dans les milieux politiques. Pour ce faire, le gouvernement désire prolonger de deux ans le mandat de prestations en vigueur.

La commission des transports du Conseil national a également pris position sur les travaux du groupe de réflexion. Selon elle, la régie ne doit pas être mue par le seul objectif de la rentabilité. Si son désendettement est une priorité, il ne s'agit pas de rechercher la couverture des coûts à tout prix pour tous les types de prestation. Les CFF doivent rester un service public oeuvrant en faveur de l'aménagement du territoire, de la protection de l'environnement et de la politique régionale. Si la commission est favorable à la formule d'une régie allégée, elle est en revanche opposée à sa transformation en société anonyme ou en holding de droit privé.

Le Conseil national a examiné le projet de réforme des chemins de fer, approuvé en 1997 par la petite Chambre. L'entrée en matière a été décidée sans opposition. Les députés ont estimé que la réforme était nécessaire afin de répondre à la pression de l’Union européenne, qui a déjà entamé la réforme du rail. Plusieurs députés ont néanmoins relevé les difficultés auxquelles seront confrontés les CFF en matière de compétitivité et de rendement.

Concernant le premier volet de la réforme, la libéralisation du réseau ferroviaire (loi sur les chemins de fer), les députés n'ont apporté que quelques modifications de détail par rapport à la version du Conseil des Etats. Une proposition Baumberger (pdc, ZH) demanda que les installations ferroviaires soient dimensionnées de façon à rendre possible une concurrence efficace, en particulier pour l'accès de tiers au réseau. Elle fut nettement rejetée par les députés qui ont estimé qu’elle ouvrait la porte à des investissements supplémentaires inacceptables. Il a été souligné que l'infrastructure devait être adaptée à la concurrence dans le cadre des réalisations de Rail 2000, des NLFA et du raccordement au réseau européen des trains à grande vitesse. Les députés ont accepté une proposition Loeb (prd, BE) qui réclame pour les entreprises de chemins de fer une totale liberté de choix sur l'installation de services accessoires dans les gares et dans les trains. Les dispositions cantonales et communales en matière d'heures d'ouverture et de fermeture ne seront pas applicables à ces services. Les députés ont ainsi contré la version du Conseil des Etats qui demandait que ces services soient désignés par le Conseil fédéral. La majorité de la CTT, soutenue par la gauche et combattue par les rangs bourgeois, souhaita permettre au Conseil fédéral de verser des contributions limitées dans le temps pour financer des technologies nouvelles dans le domaine du trafic marchandises par rail. Elle fut acceptée par la voix prépondérante du président (en raison d'une égalité des voix), créant ainsi une divergence avec le Conseil des Etats. Finalement, le vote sur l'ensemble a été accepté par 122 voix contre 6.

Dans la loi fédérale sur le transport de voyageurs et les entreprises de transport par route, les conseillers nationaux se sont ralliés à la version de leurs pairs sénateurs, sauf sur la question des concessions pour le transport professionnel de personnes. Le National a souhaité s'en tenir à la version du gouvernement, renonçant aux éléments de concurrence introduits par le Conseil des Etats. En outre, les députés ont avalisé la loi fédérale sur le transport public dans la version du Conseil des Etats, sans aucune modification.

Concernant le deuxième volet de la réforme, la restructuration des CFF (loi sur les chemins de fer fédéraux), les dispositions sur la séparation de l'infrastructure et des transports, le renforcement du principe de la commande et le libre accès au réseau ont été adoptés conformément à la version du Conseil des Etats. Une proposition de minorité UDC et PRD souhaitait remplacer le statut de fonctionnaire du personnel des CFF par des conditions d'engagement de droit privé, conformément au code des obligations. Elle fut rejetée par 93 voix contre 54. Les députés ont accepté que les CFF deviennent une société anonyme de droit public et que les employés soient soumis aux même règles que le personnel fédéral. La question du financement du déficit de la caisse de pension et de secours de la régie a été l'objet de débats nourris. La minorité de la CTT a réussi à faire admettre, par 83 voix contre 60, un délai de six ans pour que la Confédération comble le déficit d'environ CHF 5 milliards de la caisse de pension des CFF. Mais les députés, suivant une proposition de minorité UDC et PRD, ont assoupli la prise en charge du découvert par la Confédération, en spécifiant que cette dernière pouvait prendre en charge la totalité ou une partie du découvert de la caisse. Finalement, la loi a été acceptée par 128 voix contre 4.

Concernant le troisième volet, le refinancement de la régie, l'arrêté sur le refinancement des CFF n'a pas été contesté. Les conseillers nationaux ont adhéré à la version du Conseil des Etats sur tous les articles. Les prêts à long terme, d'un montant de CHF 8 milliards, accordés par la Confédération, seront convertis en capital propre des Chemins de fer fédéraux. Sur les prêts restant, CHF 3,6 milliards seront convertis en prêts à intérêt variable, remboursables sous conditions. L'opération englobe la reprise par la Confédération de prêts de CHF 5,6 milliards que les CFF avaient contractés auprès de leur caisse de pension. La régie sera en outre déchargée de son déficit 1997 qui avoisinait les CHF 150 millions.

Saisi à nouveau du dossier, le Conseil des Etats s'est penché sur les divergences avec le Conseil national. Dans la loi sur les chemins de fer, le Conseil des Etats a maintenu une divergence. Les sénateurs, par 20 voix contre 15, se sont prononcés contre le subventionnement de technologies nouvelles destinées à augmenter la productivité du trafic marchandises par le rail. Les députés ont refusé d’introduire de nouvelles subventions en raison de la situation précaire des finances fédérales.

Concernant la loi fédérale sur le transport de voyageurs et les entreprises de transport par route, et plus particulièrement sur les concessions pour les transports professionnels de personnes: la Chambre des cantons a souhaité maintenir les éléments qu'elle avait préalablement introduits pour permettre plus de concurrence.

Dans la loi sur les chemins de fer fédéraux, la petite Chambre a décidé que la Confédération aura l'obligation, et non seulement la possibilité, de prendre à sa charge le découvert de la caisse de pension des CFF. En outre, le découvert devra être pris dans sa totalité, dans un délai de six ans après l'entrée en vigueur de la loi. Les sénateurs ont ainsi souhaité donner toutes leurs chances aux CFF, en les allégeant d'un poids financier supplémentaire, afin qu'ils puissent affronter au mieux le marché concurrentiel. De retour au Conseil national, la réforme des chemins de fer a finalement été avalisée. Le National a fini par se rallier aux décisions du Conseil des Etats.

Le Conseil national a rejeté une Motion du PRD chargeant le Conseil fédéral de présenter aux Chambres un projet concernant la deuxième étape de la réforme des chemins de fer. Celui-ci devait comprendre le remplacement des CFF par des unités juridiquement indépendantes de droit privé, le détachement de secteurs de prestations annexes et finalement l’engagement du personnel conformément aux dispositions du code des obligations. S’en tenant aux statuts juridiques des CFF (société anonyme de droit public) et des employés (soumis aux mêmes règles que le personnel fédéral), décidés en 1998 par le parlement, les députés ont rejeté l’objet par 73 voix contre 50.