Die GPS empfahl die Ja-Parolen zu den Strassenbauinitiativen (freie Aarelandschaft zwischen Biel und Solothurn/Zuchwil, autobahnfreies Knonauer Amt, autobahnfreie Landschaft zwischen Murten und Yverdon, «Stopp dem Beton») und zu allen Energievorlagen (Ausstieg aus der Atomenergie, Moratorium, Energieartikel); die Revision des Strassenverkehrsgesetzes, der Rebbaubeschluss und die Revision der Bundesrechtspflege lehnte sie hingegen ab.

Zu den eidgenössischen Abstimmungen beschloss die Partei die Ja-Parole für das Stimm- und Wahlrechtsalter 18 sowie für die Initiative zur Förderung des öffentlichen Verkehrs. Beide anderen Vorlagen, das revidierte Militärstrafgesetz und die neue Finanzordnung, lehnte die GP ab. In der Finanzpolitik schlug die GP vor, die Warenumsatzsteuer durch eine Energiesteuer zu ersetzen; nach den eidgenössischen Wahlen verabschiedete sie dazu ein Grundsatzpapier.

Bei der eidgenössischen Abstimmung über den IWF-Beitritt konnte die klare Spaltung innerhalb der GP zwischen beitrittswilligen Romands und ablehnenden Deutschschweizern, für welche die Bretton-Woods-Institutionen primär ein Mittel zur Ausbeutung der Entwicklungsländer darstellen, nicht überwunden werden; die Gegner der Vorlage setzten sich in der DV mit 72 zu 31 Stimmen durch. Auch die NEAT wurde von der GP abgelehnt, weil sie in ihren Augen – genauso wie der Transit-Vertrag mit der EG– die Wirtschaftsphilosphie der EG, welche im wesentlichen auf ein Wirtschaftswachstum mit verheerenden Konsequenzen für die Umwelt ausgerichtet sei, widerspiegle.

Am Parteitag in Basel kristallisierte sich die schon zuvor zutage getretene Spaltung unter den Grünen klar heraus: In der Debatte sprach sich kein einziger Vertreter der Romandie gegen den EWR aus und nur zwei Deutschschweizer für den Vertrag. Über die vom Parteivorstand unterbreiteten Positionspapiere, welche unter anderem eine vorsichtige Öffnung und mittelfristig eine gewisse Bereitschaft für Beitrittsverhandlungen in Betracht zogen, stimmten die Delegierten nicht ab. Bei der Parolenfassung entschied die DV mit 82 zu 30 Stimmen, den Vertrag abzulehnen; nur vier Romands stimmten gegen und nur neun Deutschschweizer für den EWR. Die Kantonalsektionen Freiburg, Waadt, Neuenburg und Genf empfahlen trotzdem die Zustimmung zum EWR-Vertrag, jene von Basel-Land und Jura beschlossen Stimmfreigabe.

Bei den eidgenössischen Abstimmungen sprach sich die GP mit grosser Mehrheit für die Treibstoffzollerhöhung aus; die Befürwortung der Initiative zur Abschaffung der Tierversuche war hingegen sehr umstritten. Bei der Aufhebung des Spielbankenverbots gab die Abstimmung der Kantonalsektionen mit 6 zu 6 den Ausschlag für die Stimmfreigabe. Die Grünen konnten sich auch bezüglich der von den SD lancierten Initiative für einen arbeitsfreien Bundesfeiertag zu keiner Parole durchringen, unterstützten jedoch alle übrigen Vorlagen des Abstimmungspakets vom 26. September. Beim Systemwechsel zur Mehrwertsteuer gab die GP Stimmfreigabe heraus, den höheren Steuersatz und die übrigen Vorhaben unterstützte sie jedoch.

Zu den eidgenössischen Abstimmungen beschloss die GPS dieselben Parolen wie die SP, mit Ausnahme der SP-Initiative für eine gesunde Krankenversicherung, für welche sie Stimmfreigabe beschloss.