Zu den eidgenössischen Abstimmungen fasste die PdA die Ja-Parole zu den Kleeblattinitiativen (freie Aarelandschaft zwischen Biel und Solothurn/Zuchwil, autobahnfreies Knonauer Amt, autobahnfreie Landschaft zwischen Murten und Yverdon) und zu allen Energievorlagen (Ausstieg aus der Atomenergie, Moratorium, Energieartikel), zur Ablehnung empfohlen hat sie hingegen den Rebbaubeschluss, die Revisionen der Bundesrechtspflege und des Strassenverkehrsgesetzes. Bei der Volksinitiative «Stopp dem Beton» konnte sich die PdA auf nationaler Ebene nicht auf eine Parole einigen.

Bei den eidgenössischen Abstimmungen stellte sich die PdA gegen die Finanzvorlage, an der vor allem die wenig konsumentenfreundliche Mehrwertsteuer und die an das Finanzpaket gekoppelte Stempelsteuerrevision kritisiert wurde.

Bei den eidgenössischen Abstimmungen verwarf der Zentralvorstand den Beitritt zum IWF und die Revision des Stempelsteuergesetzes, empfahl hingegen beide Vorlagen zum Gewässerschutz, den Zivildienst- und den Gentechnologieartikel sowie die Sexualstrafrechtsreform zur Annahme. Ebenso unterstützte die PdA die Krankenkassen- und die Tierversuchsinitiative, die NEAT sowie den EWR-Beitritt. Stimmfreigabe wurde zur Vorlage über das bäuerliche Bodenrecht beschlossen. Die abgespaltene Basler «PdA (-gegründet) 1944» stellte sich gegen den EWR-Beitritt

Bei den eidgenössischen Abstimmungen gab die PdA die Nein-Parole zur Erhöhung des Treibstoffzolls, zu den Bundesbeschlüssen über die Arbeitslosenversicherung und über die Kostensteigerung in der Krankenversicherung, gegen welche sie das Referendum ergriffen hatte, sowie zu sämtlichen vier Vorlagen über die Mehrwertsteuer heraus.

Bei den eidgenössischen Abstimmungen sprach sich die PdA für die Alpeninitiative aus, stimmte aber mit dem rechten Parteienspektrum gegen Schweizer UNO-Blauhelmtruppen. Das Krankenversicherungsgesetz lehnte sie zugunsten der Initiative für eine gesunde Krankenversicherung ab.

Als einzige Partei ausser den Grünen sprach sich die PdA gegen die Einführung einer Ausgabenbremse aus, da sie die Verhinderung neuer sozialer Ausgaben befürchtete. Ausserdem lehnte sie zusammen mit den Gewerkschaften die 10. AHV-Revision ab und grenzte sich damit klar von der SP ab.