En entérinant le moratoire, le peuple et les cantons n'ont pas totalement suivi leurs autorités puisque le gouvernement et le parlement recommandèrent, sans contre-projet, le rejet des deux initiatives. Pour l'exécutif, les deux projets représentent un saut dans l'inconnu et induisent, de ce fait, de grands risques économiques. Pour Adolf Ogi, un abandon du nucléaire est irréalisable, la Suisse ne disposant d'aucune possibilité de substitution. Les arguments des partisans du nucléaire, que ce soit aux Chambres ou dans le public, tournèrent principalement autour de quatre thèmes. Premièrement, la protection de l'environnement: ne dégageant pas de CO2, le nucléaire est une énergie "propre". Deuxièmement, la dépendance face à l'étranger: l'abandon d'une production annuelle indigène de 40% d'électricité se répercuterait sur les importations et la sécurité de l'approvisionnement. Troisièmement, l'économie: l'industrie helvétique se compose et produit de hautes technologies, nécessitant un apport énergétique conséquent. La suppression du nucléaire aurait, à ce niveau, des répercussions négatives. Quatrièmement, l'électricité: difficilement remplaçable dans certains secteurs, les besoins en cette dernière vont, de surcroît, aller en s'accroissant. Les partis bourgeois gouvernementaux et libéral ainsi que les milieux patronaux soutinrent ces positions contre la gauche, l'extrême-gauche, les écologistes, les indépendants, les syndicalistes et les démocrates suisses. Pour ceux-ci, le maintien du nucléaire conduit à une erreur de développement économique et écologique, d'autant plus que les scénarios du GESE ont prouvé la possibilité de son abandon. Ce dernier activerait l'innovation pouvant répondre à une limitation des ressources énergétiques. Une représentation de celles-ci comme étant illimitées est, selon les opposants à l'atome, illusoire. De surcroît, les risques liés à la sécurité des centrales les rendent économiquement non concurrentielles. A cela s'ajoutent le problème non résolu du stockage des déchets radioactifs et l'impossibilité d'utiliser le nucléaire afin de pallier l'effet de serre (En votation finale, initiative du moratoire rejetée, au CE, par 33 voix contre 7, et, au CN, par 85 voix contre 59; initiative de l'abandon refusée par 39 voix contre 5 par la chambre des cantons et par 89 voix contre 52 par celle du peuple).
Dossier: Volksinitiativen und Referenden zu Atomkraftwerken
Dossier: Kernenergie in der Schweiz nach Tschernobyl bis 2000
Dossier: Planung und Widerstand: Geschichte des Atomkraftwerks Kaiseraugst