Bei der organisatorischen Regelung des Einsichtsrechts in die Staatsschutzakten tat sich der Bundesrat schwer. Zuerst sah er vor, dass den Gesuchstellern unter Aufsicht von Beamten der Bundesanwaltschaft in den Kantonshauptorten Einsicht in eine Kopie ihrer Karteikarte gewährt werden sollte. Nachdem erste Versuche in der Stadt Bern unbefriedigend verlaufen waren, regelte er mit einer am 5. März 1990 erlassenen Verordnung das Einsichtsrecht in die nach Personen erschlossenen Staatsschutzakten (d.h. die Fichen und direkt dazugehörende Dossiers) neu. Zuständig für die Gewährung des Einsichtsrechts wurde ein vom Bundesrat eingesetzter Sonderbeauftragter. Die Gesuchsteller erhalten von diesem Sonderbeauftragten eine Kopie ihrer Fiche zugeschickt, wobei bestimmte Angaben (z.B. über private und ausländische Informanten und laufende Ermittlungen) abgedeckt werden. Zur Behandlung von Beschwerden, welche sich aus der Anwendung dieser Verordnung ergeben, wurde eine Ombudsstelle geschaffen, welche alle Staatsschutzakten des Polizeidienstes der Bundesanwaltschaft einsehen kann. Verschiedene von der Linken und den Grünen eingereichte Motionen zur Offenlegung der Fichen und Dossiers wurden danach vom Nationalrat entweder als bereits erfüllt abgeschrieben oder aber nur in Postulatsform überwiesen. Eine Motion der SP, welche eine automatische Benachrichtigung aller Fichierten – mit Ausnahme derjenigen, gegen welche ein gerichtspolizeiliches Verfahren läuft – verlangte, wurde hingegen abgelehnt.

Zum Sonderbeauftragten für Staatsschutzakten wählte der Bundesrat den Präsidenten der PUK, Nationalrat Leuenberger (sp, ZH). Nachdem ein vom Büro des Nationalrates angefordertes Gutachten rechtliche Bedenken gegen die Ausübung dieses Amtes durch einen Parlamentarier angemeldet hatte, gab Leuenberger sein Mandat zurück. An seiner Stelle übernahm der ehemalige Luzerner Regierungsrat Walter Gut (cvp) das Amt. Leiter der Ombudsstelle blieb der im Vorjahr ernannte alt Bundesrichter Arthur Haefliger.

Nachdem im Vorjahr die Parlamentarische Untersuchungskommission (PUK) die Existenz einer sehr umfangreichen Registratur mit Karteikarten (sog. Fichen) der politischen Polizei an die Öffentlichkeit gebracht hatte, stand das Berichtsjahr im Zeichen der Organisation der Gewährung des Einsichtsrechts in diese Fichen. Bis zu der vom Bundesrat gesetzten Frist von Ende März 1990 hatten mehr als 300'000 Personen mit einem Brief Einsicht in ihre Fiche verlangt. Die Behörden konnten nach einiger Zeit auch genauere Angaben über die Anzahl der Fichen machen. Demnach existieren 731'000 Fichen für Personen (davon 161'500 Schweizer und Schweizerinnen) und 119'000 für Organisationen.

In dieser Verordnung ist auch festgehalten, dass von kantonalen und kommunalen Polizeiorganen erstellte Akten zu Bundesakten geworden sind, wenn sie an die Bundespolizei weitergeleitet worden sind, oder als Vorarbeiten zu solchen Akten gedient haben. Da diese Umschreibung für die Mehrzahl der Akten der kantonalen Staatsschutzstellen zutrifft, sind die Kantone demnach in den meisten Fällen nicht berechtigt, in eigener Regie Einsicht in diese in einzelnen Kantonen sehr umfangreichen Datensammlungen zu gewähren. Diese Regelung wurde nicht nur von den Fichierten, sondern in mehreren Kantonen auch von den Behörden und von Staatsrechtlern bestritten. Unter anderem sprach der Genfer Regierungsrat mit einer beim Bundesgericht eingereichten staatsrechtlichen Klâge dem Bund die Kompetenz zum Erlass dieser Verordnung ab. Einen ersten Entscheid in dieser Angelegenheit fasste das Verfassungsgericht von Baselland. Es stellte fest, dass keine rechtlichen Grundlagen für die Tätigkeit einer politischen Polizei vorhanden seien, und deshalb der Bund auch kein Verfügungsrecht über vom Kanton angelegte Akten aus diesem Bereich anmelden könne. In den meisten Kantonen beschlossen die Parlamente, die Tätigkeit und die Registraturen der kantonalen politischen Polizei zu untersuchen.

Verschiedene Kantone hatten das in der Verordnung über die Behandlung von Staatsschutzakten stipulierte Verfügungsrecht des Bundes über kantonale Akten, die an den Bund weitergeleitet worden waren, bestritten. In seinem Entscheid vom 29. Mai über staatsrechtliche Klagen des Kantons Genf gegen den Bund bzw. des Bundes gegen den Kanton Baselland gab das Bundesgericht dem Bundesrat recht. Es stellte dabei insbesondere fest, dass die rechtlichen Grundlagen für staatsschützerische Aktivitäten des Bundes zwar relativ vage, aber doch gegeben seien.

Da Personen, welche infolge von Handlungen der Bundespolizei Schaden erlitten hatten, erst mit der Ficheneinsicht von diesen oft weit zurückliegenden Aktivitäten erfahren haben, verlangte Nationalrat Stappung (sp, ZH) mit einer parlamentarische Initiative die Aufhebung der üblichen Verwirkungsfrist von zehn Jahren für die Anmeldung von Schadenersatzforderungen. Der Nationalrat lehnte dies ab; immerhin hatte Bundesrat Stich zugesichert, dass der Bund bei besonders groben Schädigungen trotz Verjährung eine Entschädigung ausrichten werde. Kurz vor Abschluss des Ficheneinsichtsverfahrens hatten weniger als fünfzig Personen Forderungen geltend gemacht.

Der Bundesbeschluss regelt im weiteren die Vernichtung von Akten der Bundesanwaltschaft. Der Sonderbeauftragte für Staatsschutzakten soll demnach diejenigen Akten vernichten, welche für die künftige Staatsschutztätigkeit nicht mehr benötigt werden und für die auch keine Einsichtsgesuche hängig sind. Für die Geschichtsforschung besonders wichtige Akten, z.B. über Parteien, Organisationen und bekannte Persönlichkeiten des öffentlichen Lebens sollen hingegen archiviert werden. Der Bundesrat konnte sich bei diesem Antrag auf eine von beiden Ratskammern überwiesene PUK-Motion stützen, welche unter anderem verlangt hatte, dass «überholte Einträge und Dokumente» zu vernichten seien. Entgegen dem Wunsch des Bundesrates konnte der Beschluss noch nicht in der Wintersession behandelt werden, da die erstberatende Ständeratskommission entschied, namentlich zur Frage der Aktenvernichtung noch Hearings durchzuführen. Hingegen lehnte der Nationalrat in der Wintersession mit 84 zu 65 Stimmen ein Postulat Leuenberger (sp, SO) gegen die Vernichtung von Staatsschutzakten ab.

Die Einsichtsgewährung in die Karteikarten der Bundesanwaltschaft konnte im Berichtsjahr nahezu abgeschlossen werden. In einer abschliessenden Bilanz gab der auf Ende Jahr zurücktretende Fichendelegierte Walter Gut bekannt, dass im Verlauf der letzten 50 Jahre für 728'000 Personen und 26'600 Firmen oder Organisationen Fichen angelegt worden seien. 142'000 davon betrafen Schweizer und Schweizerinnen, wobei knapp die Hälfte aus den Jahren zwischen 1980 und 1990 stammten. Von den rund 300'000 Personen, welche Einsicht in allfällig über sie angelegte Fichen verlangt hatten, waren 38'700 registriert gewesen. Die Kosten des Einsichtsverfahrens beliefen sich auf rund 10 Mio Fr.

Als nächsten Schritt sah die Verordnung über die Behandlung von Staatsschutzakten (VBS) vom 5.3.1990 vor, den Interessierten Einsicht in die sie betreffenden Dossiers zu gewähren. Eine verwaltungsinterne Arbeitsgruppe hatte freilich errechnet, dass die Gewährung dieses Einsichtsrechts Kosten von rund 111 Mio Fr. verursachen würde. In Erfüllung eines 1990 vom Ständerat überwiesenen Postulats Hunziker (fdp, AG) beantragte der Bundesrat Ende Oktober dem Parlament, dieses Verfahren mit einem Bundesbeschluss abzukürzen; die VBS will er nach Abschluss des Ficheneinsichtsverfahrens aufheben. Dieser Bundesbeschluss sieht vor, dass den rund 30'000 fichierten Personen, welche bis zum 1. April 1990 ein Gesuch um Einsicht in ihre Dossiers gestellt hatten, diese nur dann zugänglich gemacht werden sollen, wenn sie "wesentlich mehr Informationen enthalten als die Einträge auf ihrer Fiche". In Erweiterung der Bestimmungen der VBS soll aber auch Personen Einsicht gewährt werden, die vor dem 1. April kein Gesuch gestellt hatten, aber glaubhaft machen können, dass ihnen aus den in den Dossiers enthaltenen Informationen Schaden erwachsen ist.

Der Ständerat befasste sich als Erstrat mit der Dossiereinsicht und -vernichtung. Ausgehend vom Grundsatz, dass ein früher gegebenes Versprechen nicht widerrufen werden soll, beschloss er bei der Dossiereinsicht für diejenigen Personen, welche ihr Gesuch vor dem 1. April 1990 gestellt hatten, eine grosszügigere Lösung, als dies der Bundesrat vorgeschlagen hatte. Auch Gesuchsteller, deren Dossier nach Einschätzung des Sonderbeauftragten nicht mehr Informationen als die Fichenkarte enthält, sollen auf ihrer Einsichtsforderung insistieren dürfen. Wer sein Gesuch erst nach dem 1. April gestellt hatte, soll wie vom Bundesrat vorgeschlagen, sein Dossier nur dann einsehen können, wenn er einen erlittenen Schaden glaubhaft machen kann.

Ebenfalls nicht anfreunden konnte sich der Ständerat mit dem Vorschlag, dass der Sonderbeauftragte die Vernichtung von Akten anordnen soll, welche für die zukünftige Staatsschutztätigkeit nicht mehr benötigt werden und von keinem besonderen Interesse für die Geschichtsforschung sind. Er ging hier auf die Einwände der Wissenschaft ein und beschloss, dass alle Akten, die vom Staatsschutz nicht mehr gebraucht werden, zu archivieren und mit einer Sperrfrist von 50 statt wie üblich 35 Jahren zu belegen seien. Aus Gründen des Persönlichkeitsschutzes räumte er jedoch den Fichierten das Recht ein, die Vernichtung der sie betreffenden Dokumente zu verlangen.

Der Bundesrat ernannte anstelle des zurücktretenden Walter Gut den Baselbieter Obergerichtspräsidenten René Bacher zum Sonderbeauftragten für Staatsschutzakten.

Die Kommissionsmehrheit des Nationalrats schloss sich diesen Entscheiden – mit der Ausnahme des individuellen Rechts auf Aktenvernichtung – weitgehend an. Das Plenum beschloss dann aber auf Antrag der von Leuba (Ip, VD) angeführten bürgerlichen Kommissionsminderheit mit 75 zu 71 Stimmen eine wesentlich restriktivere Lösung, welche noch hinter den Vorschlag des Bundesrats zurückging. Sie sah vor, dass nur diejenigen Einsicht in ihre Dossiers erhalten sollen, die glaubhaft machen können, dass ihnen wegen der Fichierung materieller oder ideeller Schaden entstanden ist. Als wichtigstes Argument gegen eine liberalere Einsichtgewährung wurden die hohen Kosten (CHF 60-80 Mio.) ins Feld geführt. In der Frage der Aktenarchivierung schloss sich der Nationalrat dem Ständerat an, strich aber die Möglichkeit, Dokumente auf Antrag von Betroffenen zu vernichten.

In der Differenzbereinigung verzichtete der Ständerat auf das Recht für Einzelpersonen, die Vernichtung der sie betreffenden Akten zu verlangen. Bezüglich der Akteneinsicht beharrten jedoch beide Räte in einer ersten Runde auf ihren Positionen. Im Nationalrat sprach sich in einer Abstimmung unter Namensaufruf eine Mehrheit, gebildet aus den geschlossenen Fraktionen der SVP, der LP und der AP sowie einer sehr deutlichen Mehrheit der FDP und einer knappen der CVP und der SD/Lega, für das Festhalten an der restriktiven Lösung aus. In der Suche nach einem Kompromiss schlug der Ständerat dann vor, dass den 28'000 Fichierten, welche vor dem 1. April 1990 Einsicht sowohl in die Fiche als auch in allfällige Dossiers verlangt hatten, dieses Recht grundsätzlich gewährt werden soll. Auf die vom Bundesrat vorgeschlagene kostspielige Abklärung der Frage, ob ein Dossier erheblich mehr Informationen enthält als die Fiche, wurde damit verzichtet. Hingegen sollen die Gesuchsteller angefragt werden, ob und aus welchen Gründen sie überhaupt an ihrem Gesuch festhalten wollen, wobei der Sonderbeauftragte über die Stichhaltigkeit dieser Begründung entscheidet. Der Nationalrat schloss sich dieser Lösung an.

Der Bundesrat setzte die vom Parlament im Vorjahr verabschiedeten Rechtsgrundlagen für die Einsicht in die Dossiers der Bundesanwaltschaft in Kraft. Von den 29'000 Fichierten, welche ursprünglich auch Dossiereinsicht verlangt hatten, hielten rund 5'000 an ihrem Begehren fest.

Der Sonderbeauftragte für Staatsschutzakten, René Bacher, legte den Schlussbericht über die Offenlegung der Staatsschutzakten im Gefolge der sogenannten Fichenaffäre vor. Von den über 350'000 Personen, welche Einsicht in über sie angelegte Karteikarten (Fichen) verlangt hatten, waren knapp 45'000 registriert gewesen. Über 5'000 Personen hatten zudem vom Recht Gebrauch gemacht, auch die zu ihren Fichen bestehenden Dossiers einzusehen.