En 1987, J.-P. Delamuraz avait institué une commission pour étudier en détail le problème des paiements directs. Cet organe, composé de vingt experts provenant de tous horizons, fut réuni sous la présidence de Hans Popp, directeur suppléant de l'Office fédéral de l'agriculture (OFAG). Il a présenté, en 1990, son rapport final. Face aux demandes, de la part du GATT et de la CE, de diminution des subventions et de plus large ouverture des frontières, il a conclu qu'il ne sera plus possible de protéger l'agriculture uniquement par des prix garantis qui creuseraient encore l'écart avec l'Europe et le reste du monde. Pour la commission, la solution réside dans l'extension des compensations non-liées à la production. Ces paiements directs devraient être utilisés suivant deux axes: assurer les revenus quand la situation ne permet plus d'agir sur les prix et orienter la production dans un sens favorable à l'environnement. Le gouvernement aurait la compétence d'en ajuster périodiquement le montant et pourrait ainsi, régulièrement, jouer sur une combinaison prix-paiements directs afin d'assurer le revenu paysan. L'USP s'est déclarée satisfaite que la commission Popp ne se prononce pas pour une utilisation généralisée des paiements compensatoires, les solutions qu'elle préconise étant du même ordre d'idées que celles des experts de l'OFAG.

Principaux paiements directs au profit de l'agriculture de montagne, les contributions aux frais des détenteurs de bétail de la région de montagne et de la zone préalpine ont vu leur montant relevé par le Conseil fédéral. Pour la période 1991-1992, ce dernier a prévu de les faire passer de 480 millions de CHF (chiffre pour 1989-1990) à 515 millions de CHF. Les deux raisons invoquées pour l'augmentation de ces contributions sont, d'une part, la revalorisation du revenu paysan de montagne qui est inférieur à celui de plaine dans une proportion de 74 à 100 et, d'autre part, la compensation des contributions aux exploitations dont la suppression est prévue pour le ler janvier 1992. La commission du Conseil des Etats a cependant décidé d'aller encore plus loin; 550 millions selon les désirs de la majorité et 535 millions selon ceux de sa minorité. Cette augmentation a été motivée par la prise en compte d'un renchérissement d'environ 10 pourcents depuis 1988. La petite Chambre a finalement opté pour la somme de 550 millions. La commission du Conseil national s'est ralliée à cette décision.

Pour revaloriser le revenu paysan, les organisations paysannes ont présenté, comme chaque année, leurs revendications en matière de fixation des prix. L'USP a demandé une majoration du prix de base du lait de cinq centimes par litre ainsi que des contributions sous forme de paiements directs liés à la surface. Cela correspondrait à une somme de 300 millions de CHF en faveur de l'agriculture. Cependant, la centrale de Brugg a renoncé à revendiquer des augmentations de prix pour le bétail de boucherie et les céréales car elle estime que les conditions du marché ne s'y prêteraient pas. Le VKMB a proposé, quant à lui, une hausse du prix du lait échelonnée de 0 à 7 centimes par kilo selon l'importance du contingentement. Il s'est également prononcé pour un accroissement des contributions aux détenteurs d'animaux pour la production de viande et d'oeufs de 2000 à 5000 CHF par exploitation. Le gouvernement n'a pas répondu positivement à ces demandes, considérant que, compte tenu des engagements de la Suisse par rapport à la CE et au GATT, il devient difficile de majorer encore les prix dans l'agriculture; il préfère, pour assurer le revenu paysan, se tourner vers une solution du type paiements directs, plus compatible à la libéralisation des marchés. La décision définitive ne sera toutefois prise qu'en janvier 1991.

Les contributions aux frais de détenteurs de bétail de la région de montagne et de la zone préalpine 1991-92, que le Conseil fédéral avait proposé de faire passer de 480 millions de CHF à 515 afin de revaloriser le revenu paysan avaient, en 1990, été estimées encore insuffisantes par le Conseil des Etats. Celui-ci s'était prononcé pour une somme de 550 millions. En 1991, le Conseil national a accepté facilement cette proposition.

Le gouvernement a ouvert une procédure de consultation sur l'introduction de paiements directs complémentaires et de contributions en faveur de modes de production et d'exploitation respectueux de l'environnement et des animaux dans la politique agricole par une modification de la loi sur l'agriculture (art. 31). Ce faisant, il va dans le sens des propositions de la commission Popp qui a fait part de ses travaux en 1990. Cette modification législative devrait être présentée aux Chambres en 1992 et constituer un contre-projet indirect à l'initiative populaire de l’USP "pour une agriculture paysanne compétitive et respectueuse de l'environnement".