Am 1. November 2017 verabschiedete der Bundesrat die Gesamtschau zur mittelfristigen Weiterentwicklung der Agrarpolitik, deren Ziel es war, dass die Schweiz innerhalb der nächsten vier Jahre neue Handelsabkommen abschliessen sollte, was mit einem partiellen Abbau der Zölle für ausländische Agrarprodukte einhergehen würde. Der Schweizer Bauernverband (SBV) wehrte sich vehement gegen den angestrebten Zollabbau des Bundesrats. Ein Dorn im Auge war dem SBV insbesondere ein Satz auf Seite 59 der Gesamtschau: «Vor diesem Hintergrund wird der Bundesrat in der mittelfristigen Weiterentwicklung der Agrarpolitik einen Grenzschutzabbau im Agrarbereich anstreben, der die Preisdifferenz zwischen dem In- und Ausland um 30 bis 50 Prozent reduziert.» In einer gleichentags veröffentlichten Stellungnahme mit dem Titel «Bundesrat missachtet Volkswillen und will Landwirtschaft opfern» machte der SBV geltend, dass es für die Schweizer Bauern ohne Grenzschutz keine «auch nur annähernd kostendeckende Produzentenpreise» mehr geben würde, was auch die Direktzahlungen des Bundes nicht kompensieren könnten. Auch stehe der im September 2017 von der Stimmbevölkerung klar angenommene Verfassungsartikel über die Ernährungssicherheit im Widerspruch zu den agrarpolitischen Absichten des Bundesrates. Mehr Freihandel würde eine nachhaltige und tierfreundliche einheimische Produktion nicht stärken, im Gegenteil, dadurch würde sich der Strukturwandel verschärfen und der Rückgang von landwirtschaftlichen Betrieben weiter vorangetrieben, monierte der SBV. Der Bauernverband riet dem Bundesrat, die Gesamtschau zu «schreddern» – neue Ideen, nicht alte Ideologien seien gefragt. In einem Interview mit der Berner Zeitung verteidigte der zuständige Bundesrat Schneider-Ammann den Kurs des Bundesrates. Die EU stehe kurz vor einem Freihandelsabkommen mit den vier Staaten des Mercosur-Wirtschaftsraums (Brasilien, Argentinien, Paraguay und Uruguay), was es in Zukunft etwa der deutschen Industrie aufgrund von Zollreduktionen erlauben werde, viel billiger in diese Staaten zu exportieren. Wolle die Schweizer Wirtschaft im Exportmarkt gegenüber der europäischen Industrie konkurrenzfähig bleiben und keine Arbeitsplätze an die Nachbarstaaten verlieren, dann müsse man beim Mercosur-Abkommen nachziehen. Er versuchte die Bauern damit zu besänftigen, dass «kein Mensch von komplett zollfrei [redet]» und im äussersten Fall die Hälfte des heutigen Schutzes aufgegeben werden müsste. Niemand wolle die Landwirtschaft abschaffen, das sei eine masslose Übertreibung, so Schneider-Ammann. Zu beruhigen vermochte das den Bauernverband jedoch nicht; an der Jahresmedienkonferenz im Januar 2018 im solothurnischen Derendingen bekräftigte der SBV seine Haltung. «Fairer Handel statt Freihandel» war das Credo des Bauernverbandes, denn eine nachhaltige, umweltschonende und tierfreundliche Landwirtschaft sei nicht möglich zu Weltmarktpreisen.

Kurz darauf spitzte sich die Lage zwischen Bauernverbandspräsident Markus Ritter und Wirtschaftsminister Schneider-Ammann zu. Der SBV wollte bei Schneider-Ammann persönlich vorsprechen und bat in einem Brief um ein Gespräch, um die «Zusammenarbeit und die Kommunikation zu besprechen», so Ritter im St. Galler Tagblatt. Die Verbandsspitze hatte sich bei der Erarbeitung der Gesamtschau des Bundesrates übergangen gefühlt, da sie vorgängig nicht angehört worden sei. Schneider-Ammann schlug das Angebot jedoch aus: «Ein separates Treffen mit Vertretern des Bauernverbandes ist nicht geplant», liess sich das WBF in einigen Medien zitieren. Stattdessen wolle man im Februar 2018 alle Beteiligten an einen runden Tisch zum Mercosur-Agrar-Gipfel einladen, um ein Freihandelsabkommen mit dem südamerikanischen Wirtschaftsraum zu diskutieren. Diese Einladung schlug am 24. Januar 2018 wiederum der Bauernverband aus. Die Gesamtschau des Bundesrates stelle keine Grundlage für eine zukunftsfähige Landwirtschaft dar, hiess es in einer Medienmitteilung des SBV. Einige vom Bundesrat gemachte Annahmen seien «komplett unrealistisch», so etwa die Kostenentwicklung bei den meisten Vorleistungen oder was die Löhne für die landwirtschaftlichen Angestellten angehe. Hinzu komme, dass ein Plan fehle, wie die «massiven Verluste der Bauernfamilien» aufgefangen würden.

Nachdem der Mercosur-Agrar-Gipfel in Bern tatsächlich ohne Bauernverband abgehalten worden war – andere agrarwirtschaftliche Verbände wie die Schweizer Milchproduzenten, IP-Suisse, Bio-Suisse, die Agrarallianz oder Proviande hatten daran teilgenommen – äusserten die Medien Skepsis gegenüber der Strategie des SBV. «Trotzende Bauern befremden» übertitelte die «Nordwestschweiz» ihren Kommentar, in welchem der Bauernverband aufgefordert wurde, die Marktöffnung aktiv mitzugestalten, anstatt sich «trotzig im Reduit zu verschanzen». Die NZZ sprach von einem «Eigentor des Bauernverbands», weil die Bauern mit der Gesprächsverweigerung die Sympathien der breiten Bevölkerung und der Wirtschaft aufs Spiel setzen würden.

Im April 2018 reiste eine 50-köpfige Delegation unter der Leitung Schneider-Ammanns nach Südamerika in die Mercosur-Staaten, um Informationen aus erster Hand zu erhalten; auch dieser Reise blieb der SBV fern. Es war der negative Höhepunkt in der Beziehung zwischen dem Bauernverband und dem WBF; danach trat etwas Entspannung ein. Glaubt man den Mutmassungen in den Medien, so dürften insbesondere erste Zahlen in den Verhandlungen zwischen den Mercosur-Staaten und der EU dazu beigetragen haben. Nach aktuellstem Angebot wollte die EU jährlich einen Import von rund 100'000 Tonnen Rindfleisch zulassen; auf die Bevölkerung der Schweiz umgerechnet wären das rund 2'000 Tonnen Rindfleisch, dessen Import die Schweiz zu tieferen Zolltarifen zulassen müsste, würde das Schweizer Abkommen inhaltlich jenem der EU gleichen. Bei einem jährlichen Schweizer Konsum von 100'000 Tonnen Rindfleisch, wovon bereits heute 45'000 Tonnen importiert würden, scheine das verkraftbar, kommentierte die «Nordwestschweiz».

Ende April nahmen Schneider-Ammann und Ritter den Gesprächsfaden wieder auf und vereinbarten ein Treffen, bei dem es jedoch zu keiner sachlichen Einigung kam – Schneider-Ammann hielt nach wie vor an jenem Satz auf Seite 59 fest, aufgrund dessen der Bauernverband auf die Barrikaden gegangen war. Immerhin gestand Ritter anfangs Mai in der NZZ ein, dass er nicht grundsätzlich gegen Freihandel sei, dass es aber rote Linien gebe, beispielsweise solle auch in Zukunft zugunsten der Ernährungssicherheit der heutige Anteil der importierten Lebensmittel von rund 40 Prozent beibehalten werden und nicht weiter steigen. Zeit für eine «Versachlichung der Diskussion» bleibe, so Ritter, weil acht betroffene EU-Länder zum EU-Mercosur-Abkommen Vorbehalte geäussert hätten und damit jene Verhandlungen noch andauern dürften. Einig seien sich Schneider-Ammann und Ritter jedoch gewesen, dass es in der Kommunikation zwischen dem Bundesamt für Landwirtschaft (BLW) und dem Bauernverband Verbesserungspotenzial gebe; seither tausche man sich wieder aus.

Am 4. Juni 2018 wurde die Gesamtschau des Bundesrates im Nationalrat behandelt und mit 108 zu 74 Stimmen (7 Enthaltungen) zur Überarbeitung an den Bundesrat zurückgewiesen, womit sich die Aggrarlobby im Parlament vorerst gegen den Bundesrat durchsetzen konnte.

Après de long mois de discorde, le monde paysan et le Conseil fédéral se sont, à nouveau, assis à la même table. C'est à Madiswil, dans le canton de Berne que Johann Schneider-Ammann – en charge de la politique agricole – et une délégation de l'USP se sont rencontrés afin de discuter de l'avenir de l'agriculture dans un contexte de signature d'accords de libre-échange; celui avec les pays du MERCOSUR étant sous le feu des projecteurs. Le monde paysan avait manifesté son mécontentement lors de la publication de la politique agricole 22+, qui prévoyait une réduction des barrières douanières à l'importation des produits agricoles, menaçant la production nationale selon les organisations paysannes. Elles avaient donc décidé de boycotter une rencontre informative sur l'accord de libre-échange avec le MERCOSUR ainsi qu'un voyage sur place organisé par le ministre de l'agriculture.
Cette rencontre aura donc marqué un tournant et une reprise du dialogue entre le Conseil fédéral et les milieux paysans, à quelques jours du départ du ministre de l'économie pour l'Amérique du Sud. Quelques paysans feront tout de même le voyage, dont le conseiller national bernois Andreas Aebi (udc, BE), qui assurera devant les médias avoir été rassuré, l'important étant de fixer des lignes rouges afin que les marchés suisses ne soient pas inondés par des produits agricoles provenant de ces pays. Ce débat s'inscrit également dans le contexte des deux initiatives agricoles sur lesquels le corps électoral aura à se prononcer en septembre 2018 et qui touchent aux questions des normes des produits importés et d'une augmentation de la souveraineté alimentaire.

Le 4 mars 2019, le Conseil des Etats s'est prononcé à l'unanimité (40 voix) en faveur du projet d'arrêté fédéral portant approbation de l'accord de libre-échange entre les Etats de l'AELE et l'Equateur. Le projet passe au Conseil national.

Au mois de juin 2019, le Conseil national s'est à son tour prononcé sur le projet d'arrêté fédéral portant approbation de l'accord de libre-échange entre les États de l'AELE et l’Équateur. Tout comme la chambre haute, la chambre basse s'est ralliée à la version du projet élaboré par le Conseil fédéral (134 voix pour et 43 abstentions lors du vote sur l'ensemble). La proposition de la minorité Nussbaumer (ps, BL), qui prévoyait l'introduction d'un mécanisme institutionnel basé sur une collaboration entre partenaires sociaux et organisations spécialisées de la société civile afin d’observer la mise en œuvre des dispositions relatives aux normes de travail, aux droits de l’homme ou à la protection de l'environnement a ainsi été rejetée.
L'arrêté fédéral a définitivement été adopté par les chambres fédérales à l'occasion du vote final du 21 juin 2019.

Un accord de libre-échange entre les États de l’AELE, dont fait partie la Suisse, et le Mercosur a été conclu fin août à Buenos Aires. Cet accord de libre-échange avec l’Argentine, le Brésil, le Paraguay et l’Uruguay exonère de droits de douane 95% des exportations suisses, supprime des obstacles techniques au commerce et garantit donc un accès facilité, pour les entreprises suisses, à ce marché d’Amérique du Sud. Le Conseil fédéral, par l’intermédiaire de Guy Parmelin (DEFR), a mis en avant l’importance d’un tel accord. Il a notamment mentionné le potentiel de 260 millions de consommateurs pour les entreprises helvétiques, l’impératif d’être sur un pied d’égalité avec les entreprises européennes et le besoin de renforcer les exportations. A l’opposé, les Verts et le parti socialiste ont brandi la menace du référendum. Lisa Mazzone (verts, GE) a pointé du doigt les lacunes de l’accord en termes de durabilité et de droits de l’homme, et a pris comme exemple, pour appuyer son argumentation, les incendies qui ont ravagé la forêt amazonienne durant l’été 2019, et donc la politique du gouvernement brésilien en la matière.

La CPE-CE a décidé de ne pas soutenir l'initiative cantonale jurassienne qui souhaite exclure les produits agricoles de l'accord de libre-échange avec les pays du MERCOSUR. En déposant ce texte auprès de l'Assemblée fédérale, le parlement jurassien souhaitait empêcher un non-sens écologique justifié par des intérêts économiques. Il voulait, par ce biais, également soutenir la paysannerie suisse qui souffrirait d'une telle ouverture. Seuls deux membres de la commission – contre neuf et un.e abstentionniste – ont décidé de soutenir le présent texte.

L'initiative cantonale jurassienne, exhortant les autorités à sortir les produits agricoles de l'accord de libre-échange avec les pays du Mercosur, a été balayée par le Conseil des Etats. Seul.e.s 8 élu.e.s (contre 29 et 2 abstentions) ont suivi la minorité Vara (verts, NE). Cette dernière avait pourtant fait part de ses craintes quant à la mise en concurrence de la production agricole suisse avec l'arrivée sur le marché de viande, de vin et de fruits d'un coût bien moindre et produits dans de mauvaises conditions. Elle en a profité pour souligner que plus de 67'000 signatures avaient été récoltées en quelques jours contre cet accord de libre-échange dans le cadre d'une pétition circulant sur internet.
Représentant la majorité de la commission (CPE-CE), Damian Müller (plr, LU) a rappelé que les règles édictées par l'OMC interdisent d'exclure un secteur entier d'un accord de libre-échange (ici, l'agriculture). Et de manière plus concrète, les concessions faites dans le cadre de cet accord ne sont pas grandes, d'après la majorité qui est de l'avis que l'agriculture ne sera que peu touchée une fois l'accord ratifié. Des membres du Parti socialiste ont soutenu la majorité, à l'image de Christian Levrat (ps, FR) qui, bien qu'attentif à l'évolution de cet accord, a refusé de s'y opposer par principe alors que les détails de l'accord n'ont pas encore été dévoilés. Il a également estimé que la voie législative proposée par l'initiative cantonale n'était pas la bonne pour répondre aux questions soulevées par cet accord.
La chambre haute a, par la même occasion, refusé de donner suite à l'initiative cantonale genevoise qui souhaitait soumettre cet accord de libre-échange au référendum facultatif.

Une majorité des membres de la CPE-CN (9 voix contre 2 et une abstention) ne veut pas exclure les produits agricoles de l'accord de libre-échange avec les pays du Mercosur, suivant ainsi la décision du Conseil des Etats. La raison principale est la caducité de cette initiative déposée par le canton du Jura. En effet, les négociations étant d'ores et déjà closes, il n'est plus possible d'influer sur le contenu de ce présent accord. De plus, et de manière plus générale, la majorité de la commission n'estime pas judicieux d'exclure tout un secteur d'un accord de libre-échange, particulièrement en vue des accords futurs. Une minorité est toutefois de l'avis qu'il est nécessaire de créer un débat public sur l'inclusion des produits agricoles dans cet accord avec les pays du Mercosur.

Le Conseil national s'est opposé à l'initiative cantonale jurassienne pour exclure les produits agricoles de l'accord de libre-échange avec les pays du Mercosur. 108 parlementaires (contre 69 et 10 abstentions) ont décidé de suivre la majorité de la commission compétente pour qui il n'est plus possible d'influer sur cet accord, les négociations étant closes depuis deux ans. Bien que conscient de ce fait, la minorité de la commission, représentée par Denis de la Reussille (pst, NE), souhaitait lancer un débat public sur ce sujet, les aberrations écologiques et sociales qu'impliquera un libre-échange agricole avec ces pays étant conséquentes. Cela n'aura pas suffi à convaincre suffisamment de membres de la chambre basse. Seul le groupe des verts s'est rangé en bloc derrière la minorité, tandis que les verts'libéraux et les libéraux-radicaux se sont opposés au texte et que les élu.e.s du Centre, de l'UDC et du Parti socialiste ont été plus partagé.e.s. Le Conseil national a rejeté, par la même occasion, l'initiative déposée par le canton de Genève.

Im September 2019 reichte der Grosse Rat des Kantons Genf eine Standesinitiative zu einem Referendum über das Freihandelsabkommen mit dem Mercosur ein. Darin wird die Bundesversammlung aufgefordert, ein fakultatives Referendum über das Freihandelsabkommen, das planmässig im Verlauf des Jahres 2020 durch das Parlament ratifiziert werden sollte, zuzulassen. Der Grosse Rat begründete die Initiative damit, dass das im August 2019 abgeschlossene Abkommen nur unzureichende Kontroll- und Sanktionsmechanismen biete. Zudem gäbe es keine Garantie für die Bekämpfung von Abholzung und den Schutz der lokalen Landwirtschaft.

Die APK-SR entschied im Februar des darauffolgenden Jahres mit 9 zu 2 Stimmen (bei einer Enthaltung), der Initiative keine Folge zu geben. Dabei war die Kommission der Forderung gegenüber keineswegs abgeneigt. Doch der zuständige Departementsvorsteher – Bundesrat Parmelin – versicherte, dass sein Departement gegenüber dem Parlament beantragen werde, das Abkommen dem fakultativen Referendum zu unterstellen. Dies entspräche der im August 2019 beschlossenen Praxis, wonach derartige Standardabkommen dem fakultativen Staatsvertragsreferendum unterstehen.

Der Ständerat beschloss in der Frühjahrssession 2020 mit 29 zu 8 Stimmen (bei 2 Enthaltungen), der Initiative keine Folge zu geben. Eine ausführlichere Debatte wurde dadurch verhindert, dass sich der finale Abkommenstext zum Zeitpunkt der Ratsversammlung noch in rechtlicher Prüfung befand und somit nicht bekannt war. Ebenfalls keine Folge gegeben wurde der gleichzeitig in der Kommission geprüften Standesinitiative des Kantons Jura (Kt. Iv. 19.302).

Die APK-NR hatte der Standesinitiative zum Referendum über das Freihandelsabkommen mit dem Mercosur im Januar 2021 mehrheitlich keine Folge gegeben. Eine Minderheit Crottaz (sp, VD) hatte sich jedoch für eine Annahme eingesetzt. Der Kommissionsbericht hielt fest, dass die Referendumsmöglichkeit bei Freihandelsabkommen richtig und wichtig sei, wie die Diskussion um das Freihandelsabkommen mit Indonesien gezeigt habe. Gemäss der neuen Praxis in Bezug auf Standardabkommen unterstehen Freihandelsabkommen aber sowieso bereits dem fakultativen Referendum, weshalb die Kommissionsmehrheit das Anliegen der Standesinitiative als erfüllt betrachtete.
In der Sommersession 2021 empfahl Kommissionssprecherin Schneider-Schneiter (mitte, BL) dem Nationalrat bei der Vorprüfung folglich die Ablehnung der Genfer Standesinitiative sowie der Initiative des Kantons Jura (Kt. Iv. 19.302), welche die Ausklammerung von Agrarprodukten aus dem Freihandelsabkommen mit dem Mercosur forderte. Die Minderheitsführerin Brigitte Crottaz bezweifelte, dass das geplante Mercosur-Freihandelsabkommen die Nachhaltigkeitsziele der Agenda 2030 einhalte und kritisierte auch, dass es insbesondere in Brasilien vermehrt zu Menschenrechtsverletzungen im Agrarbereich käme. Die Abstimmung zum Freihandelsabkommen mit Indonesien habe aufgezeigt, dass grundlegende Wirtschafts- und Umweltpolitikentscheide von grossem Interesse für die Schweizer Bevölkerung seien. Crottaz zeigte sich erfreut, dass Freihandelsabkommen gemäss Bundesrat bereits dem fakultativen Referendum unterstehen, womit das Anliegen der Standesinitiative schon fast erfüllt sei. Sie verlangte dennoch die Annahme der Initiative, weil der genaue Text des Abkommens noch nicht bekannt war und das Parlament daher in der Sommersession 2021 keine Stellung dazu beziehen konnte.
Der Nationalrat schien das Anliegen der Initiative jedoch als erfüllt anzusehen und stimmte mit 110 zu 67 Stimmen (bei 8 Enthaltungen) gegen ein Folgegeben.

La motion Grin (udc, VD) a été classée, celle-ci n'ayant pas été traitée dans les deux ans suivant son dépôt. Le député vaudois souhaitait que le Conseil fédéral exclue les produits agricoles des négociations en vue de l'accord de libre-échange avec les pays du Mercosur. Le Conseil fédéral s'était exprimé contre cette motion, estimant que les produits agricoles suisses trouveraient également des débouchés dans ces pays avec la baisse des droits de douane. De plus, le secteur agricole étant l'un des principaux secteurs d'exportation des pays du Mercosur, l'exclure reviendrait à tirer un trait sur tout accord de libre-échange. Finalement, le Conseil fédéral a tenu à rappeler que le renforcement du développement durable était l'un des points forts des accords de libre-échange nouvellement négociés; un aspect qui est pris au sérieux par les autorités dans ce cas-là aussi.
La CPE-CE s'était également exprimée contre une exclusion des produits agricoles de l'accord de libre-échange avec les pays du Mercosur, dans le cadre d'une initiative cantonale déposée par le canton du Jura. La commission ainsi que la chambre haute s'étaient également opposées à la possibilité d'organiser un référendum facultatif contre cet accord de libre-échange, comme le souhaitait le canton de Genève.

Im April 2020 hatte der Kanton Neuenburg eine Standesinitiative zum Freihandelsabkommen mit dem Mercosur eingereicht, die grundsätzlich einer älteren Standesinitiative des Kantons Genf (Kt. Iv. 19.313) entsprach. Der Bundesrat wurde in der Initiative dazu aufgefordert, zu überprüfen, ob das Abkommen nicht dem fakultativen Referendum unterstellt werden müsste. Das Abkommen verfüge über sehr schwache Kontroll- und Sanktionsmechanismen im Falle einer Verletzung von sozial- und umweltpolitischen Verpflichtungen, argumentierte das Neuenburger Parlament. Es war davon überzeugt, dass der Schweizer Agrarsektor durch das Abkommen unter Druck geraten würde, weil das FHA nicht zur nachhaltigen Entwicklung der Land- und Ernährungswirtschaft in der Schweiz beitrage. Es sei zentral, dass die Schweizer Bevölkerung über ein derart wichtiges Abkommen abstimmen könne, argumentierte das Neuenburger Parlament.
Die APK-SR prüfte die Standesinitiative im August 2021 und beantragte mit 10 zu 1 Stimmen, der Initiative keine Folge zu geben. Wirtschaftsminister Parmelin habe der Kommission bereits im Februar 2020 versprochen, dass das WBF dem Gesamtbundesrat empfehlen werde, das Abkommen dem fakultativen Referendum zu unterstellen. Dies entspreche der seit August 2019 kommunizierten Praxis in Bezug auf Standardabkommen, so die Kommission. Folglich beantragte Kommissionssprecher Müller (fdp, LU) im Ständerat während der Herbstsession 2021 die Ablehnung der Standesinitiative. Die kleine Kammer gab der Initiative daraufhin keine Folge.

Nachdem der Ständerat der Standesinitiative des Kantons Neuenburg zum Freihandelsabkommen mit dem Mercosur in der Herbstsession keine Folge gegeben hatte, empfahl auch die APK-NR dem Nationalrat deren Ablehnung. Die Prüfung durch den Bundesrat, ob das Abkommen einem fakultativen Referendum zu unterstellen wäre, sei nicht notwendig, weil der Bundesrat aufgrund der ähnlich lautenden abgelehnten Standesinitiative des Kantons Genf diesbezüglich bereits sensibilisiert sei. Eine Kommissionsminderheit wolle der Initative Folge geben, obwohl ihr Anliegen aufgrund der gängigen bundesrätlichen Praxis bereits erfüllt sei, erklärte die Komission in ihrem Bericht. In der Wintersession 2021 stiessen die Erläuterungen der Kommission auf keine Gegenstimmen und der Nationalrat gab der Initiative stillschweigend keine Folge.