Der Bundesrat legt dem Parlament alle vier Jahre einen Bericht über den Vollzug und die Wirksamkeit des Finanzausgleichs vor, den er vorgängig in die Vernehmlassung gibt. Dieser Wirksamkeitsbericht dient der Bundesversammlung dazu, die Grundbeiträge an den Ressourcen- und Lastenausgleich festzulegen sowie über die Fortsetzung des Härteausgleichs zu entscheiden. Damit aber das Parlament den Härteausgleich aufheben oder Änderungen am Bundesgesetz über den Finanz- und Lastenausgleich (FiLaG) vornehmen kann, muss ihm der Bundesrat zwingend einen entsprechenden Beschlussentwurf vorlegen. Diese Situation sei aus Sicht des Parlaments nicht zufriedenstellend, weshalb Olivier Feller (fdp, VD) mittels einer Motion dafür zu sorgen beabsichtigte, dass die Bundesversammlung „Änderungen an den Eckwerten für den Finanzausgleich vornehmen“ könne. In seiner Stellungnahme wies der Bundesrat jedoch darauf hin, dass das Parlament bereits die Möglichkeit habe, mittels Gesetzesänderung oder dem Referendum unterstehendem Bundesbeschluss das Finanzausgleichssystem zu ändern, den Härteausgleich entgegen der Empfehlung des Bundesrates aufzuheben oder dem Bundesrat einen entsprechenden Auftrag zu erteilen. Der Bundesrat lehne jedoch einen vierjährlichen Automatismus aufgrund des entstehenden administrativen Aufwands und des Widerspruchs zum üblichen Gesetzgebungsprozess ab. Trotz dieses ablehnenden Votums entschied sich in der Frühjahrssession 2017 eine knappe Mehrheit des Nationalrats mit 97 zu 88 Stimmen bei 4 Enthaltungen für eine Annahme der Motion. Befürwortet wurde die Motion geschlossen von der FDP- und der SVP-Fraktion, ablehnend standen ihr geschlossen die CVP- und die SP-Fraktion, sowie mehrheitlich die BDP-, GLP- und die Grünen-Fraktion gegenüber.

Die FK-SR sprach sich gegen die Motion Feller (fdp, VD) aus und folgte grösstenteils der Argumentation des Bundesrates bezüglich der Ausweitung der Einflussmöglichkeiten des Parlaments auf den Bericht über den Vollzug und die Wirksamkeit des Finanzausgleichs. So würde die Umsetzung der Motion gemäss Kommissionssprecherin Fetz (sp, BS) die bewährte Funktionsweise der politischen Institutionen und insbesondere die Beteiligung der Kantone in Frage stellen. Zudem sei der Weg zu Gesetzesänderungen über die parlamentarische Initiative gegenüber demjenigen über Motionen zu bevorzugen, da Erstere den Einbezug aller Beteiligten erlaube und entsprechend das traditionelle Zusammenspiel der Institutionen respektiere. Dies sei insbesondere relevant, als es auch auf Seiten der KdK Bestrebungen zur Änderung der Modalitäten zur Festlegung der Ausgleichsinstrumente gebe. Die Rolle der Kantone strich auch Peter Hegglin (cvp, ZG) hervor. Er empfahl dem Ständerat jedoch, dem zustimmenden Entschluss des Nationalrats zu folgen, da der Bundesversammlung in diesem wichtigen Themenbereich mehr Änderungsmöglichkeiten zustehen sollten als bisher. Bundesrat Maurer wies darauf hin, dass der Bund gemeinsam mit den Kantonen dabei sei, Lösungen zu finden. In diesem Prozess ginge es vor allem darum, dass die Kantone untereinander Kompromisse und ein Gleichgewicht erarbeiteten, wobei es nicht hilfreich sei, „wenn das Parlament in jedem Fall schon früh ein Mitspracherecht [habe]”, da durch die Parlamentskammern nochmals neue Interessen eingebracht würden. Dieser Ansicht folgte der Ständerat, lehnte die Motion mit 34 zu 6 Stimmen ab und versenkte sie damit.

Im dritten NFA-Wirksamkeitsbericht hat der Bundesrat zu prüfen, ob beim Ressourcenausgleich das gültige Mindestziel (85%) künftig durch eine Mindestzielbandbreite (83-87%) ersetzt werden sollte. Dieser Auffassung war der Nationalrat anlässlich der Frühjahrssession 2016 und überwies mit 123 zu 65 Stimmen bei 10 Enthaltungen ein entsprechendes Postulat Fischer (glp, LU), das von Nationalrat Bäumle (glp, ZH) übernommen worden war. Eine Mindestzielbandbreite, so Bäumle, würde sämtlichen Kantonen und auch dem Bund mehr Verbindlichkeit und Planungssicherheit geben. Nationalrat Hadorn (sp, NR), der das Postulat bekämpft hatte, sah mit dem Vorschlag Fischers den Finanzausgleich als "Instrument des inneren Zusammenhalts" des Landes infrage gestellt.

Der Bundesrat untersuchte die Forderung des Postulats Fischer (glp, LU), das gültige Mindestziel der Ressourcenausstattung (85%) durch eine Mindestzielbandbreite (83-87%) zu ersetzen im Rahmen des dritten Wirksamkeitsberichts zum Finanzausgleich. Da der ressourcenschwächste Kanton mit einer Mindestzielbandbreite den Maximalbetrag dieser Bandbreite – vorgeschlagen worden waren hierfür 87 Prozent – nicht übersteigen könnte, hätte eine solche Regelung das Wachstum der Überdotation seit 2016 gebremst: Mit der aktuellen Regelung erzielte der ressourcenschwächste Kanton seither hingegen immer mehr als 87 Indexpunkte. Der Bundesrat befand, dass die Mindestzielbandbreite eine ähnliche Wirkung habe, wie das Massnahmenpaket der KdK, dass er aber die Vorschläge des Massnahmenpakets bevorzuge.
Stillschweigend schrieb der Nationalrat das Postulat in der Sondersession 2019 ab.

Der ressourcenschwächste Kanton soll nach erfolgten Ausgleichszahlungen des im Rahmen des Bundesgesetz über den Finanz- und Lastenausgleich (FiLaG) definierten Ressourcenausgleichs neu immer exakt die Mindestausstattung von 85% des schweizerischen Durchschnitts erreichen und entsprechend das Dotationskapital vom Wachstum des Ressourcenpotenzials entkoppelt werden. Dies forderte der Nationalrat im März 2016 indem er ein Postulat Gössi (fdp, SZ) an den Bundesrat überwies, der das Postulat selbst zur Annahme empfohlen hatte. Bekämpft wurde das Ansinnen von Nationalrätin Barbara Gysi (sp, SG), die Petra Gössi, welche aus dem Geberkanton Schwyz stammt, vorwarf, dass es ihr nur um eine Senkung des Dotationskapitals gehe. Die Wachstumspotenziale innerhalb der Schweiz seien, so Gysi weiter, derart ungleich verteilt, dass man diese bei der Ausstattung des Ressourcenausgleichs unbedingt berücksichtigen müsse. Einer mehrheitlich geschlossen stimmenden Koalition aus SVP, FDP, GLP und BDP war jedoch nicht beizukommen: Mit 116 zu 75 Stimmen bei 7 Enthaltungen fiel der Entscheid relativ deutlich aus. Nun gilt es, den bundesrätlichen Bericht abzuwarten.

Nachdem die Geberkantone bei der Festlegung der Beträge des Ressourcenausgleichs den Nehmerkantonen unterlegen waren, entlud sich ihr Frust Ende 2015 gleich mehrfach: Im Anschluss an die Schlussabstimmung zum Ressourcen- und Lastenausgleich im Parlament meldeten mehrere Geberkantone Interesse an, das Kantonsreferendum zu ergreifen, wobei jedoch nur die Kantone Nidwalden, Schaffhausen, Schwyz und Zug diese Absicht auch umsetzten. Für ein Zustandekommen des Kantonsreferendums hätten sich jedoch acht Kantone beteiligen müssen. Gleichzeitig sammelte die SVP im Kanton Schwyz Unterschriften für ein Volksreferendum, das aber ebenfalls nicht zustande kam. Im Kanton Zug forderten bürgerliche Politiker, die Beiträge an den Ressourcenausgleich teilweise auf ein Sperrkonto einzuzahlen und aus der KdK auszutreten. Denn obwohl das Parlament einen von der KdK eingebrachten Kompromissvorschlag angenommen hatte, zeigten sich die Geberkantone unzufrieden: Ihrer Ansicht nach seien die Ziele des Finanzausgleichs erreicht, da heute jeder Kanton mehr Ressourcen habe als die vereinbarten 85 Prozent des schweizerischen Durchschnitts.

Die heftig geführte Parlamentsdebatte zum Ressourcenausgleich hatte das grosse Sprengpotenzial verdeutlicht, das der Finanzausgleich in sich birgt. An der Plenarversammlung der KdK im September 2015 ging es folglich darum, dafür zu sorgen, dass die entsprechenden Verhandlungen in Zukunft weniger explosiv würden. Dazu setzte die KdK eine politische Arbeitsgruppe Marty zur Erarbeitung von Vorschlägen zur Optimierung des Finanzausgleichssystems Bund – Kantone ein. Ihren Namen erhielt die Arbeitsgruppe durch ihren Vorsitzenden, den ehemaligen Finanzdirektor des Kantons Schwyz, Franz Marty. Sie setzte sich aus je drei Regierungsmitgliedern aus ressourcenstarken sowie aus ressourcenschwachen Kantonen zusammen. Am 17. März 2017 verabschiedeten die Kantonsregierungen den auf dem Schlussbericht dieser Arbeitsgruppe beruhenden Antrag zur Optimierung des Finanzausgleichs, der die Eckwerte der Kantone für das Gesamtpaket des Finanzausgleichs beinhaltete. So sollte unter anderem die Ausgleichssumme aufgrund der Entwicklung der Disparitäten und unter Berücksichtigung des Ausgleichsbedarfs festgelegt werden. Entsprechend sollte die Ausgleichssumme nicht mehr durch von Mal zu Mal neu auszuarbeitende Parlamentsentscheide, sondern durch fixe gesetzliche Vorgaben festgelegt werden und die Mindestausstattung des ressourcenschwächsten Kantons garantieren. Diese Garantie soll 86.5% des schweizerischen Durchschnitts betragen.

Im Sommer 2017 reichte Albert Vitali (fdp, LU) ein Postulat ein, gemäss dem der Bundesrat einen Bericht zu den Möglichkeiten der Optimierung des nationalen Finanzausgleichs verfassen soll. Der Ressourcenausgleich zwischen den Kantonen soll zukünftig Anreize für eine Verbesserung der finanziellen Leistungsfähigkeit beinhalten. Das Postulat nahm Ideen einer politischen Arbeitsgruppe der Kantone unter anderem bezüglich einer gesetzlich garantierten Mindestausstattung sowie einer verstärkten Orientierung der Ausgleichssumme an der tatsächlichen Entwicklung der finanziellen Leistungsfähigkeit der Kantone auf. Der Bundesrat argumentierte, dass ihm die KdK im März 2017 bereits einen „neuen Mechanismus zur Festlegung der Dotation des Ressourcenausgleichs” vorgeschlagen habe, welcher die Anreize für die ressourcenschwächsten Kantone steigern sollte. Diesen und andere Vorschläge prüfe der Bundesrat im Rahmen des Wirksamkeitsberichts 2016-2019, folglich empfahl er das Anliegen zur Annahme. Nachdem Yannick Buttet (cvp, VS) das Postulat in der Herbstsession 2017 noch bekämpft hatte, konnte er seine Position in der Wintersession 2017 aufgrund seiner Abwesenheit nicht vertreten. In der Folge nahm der Nationalrat das Postulat mit 126 zu 57 Stimmen – gegen den Widerstand der SP-Fraktion, einer Mehrheit der Grünen-Fraktion, aber nur von vereinzelten Mitgliedern der CVP-Fraktion – deutlich an.

Der Bundesrat berichtete im Rahmen der Revision des FiLaG, die Forderung aus dem Postulat Vitali (fdp, LU) durch die Prüfung eines Anreizsystems für eine Verbesserung der finanziellen Leistungsfähigkeit im Ressourcenausgleich zwischen den Kantonen im dritten Wirksamkeitsberichts zum Finanzausgleich erfüllt zu haben. Aufgrund des Zielkonflikts zwischen der Höhe des Mindestausstattungsziels, der Höhe der Dotation des Ressourcenausgleichs und dem Anreiz für ressourcen-schwache Kantone, zusätzliches Steuersubstrat anzuziehen, stellten die Erhöhung der Dotation oder die Senkung des Mindestausstattungsziels mögliche Anreize im Sinne des Postulats dar. Durch das Massnahmenpaket der KdK sei das Mindestausstattungsziel aber sogar noch erhöht worden; damit sei der Preis für eine «merkliche Verbesserung der Anreizwirkung bei den ressourcenschwachen Kantonen zu hoch». Stattdessen habe die Anpassung der Zeta-Faktoren im Rahmen der STAF die Anreize für die ressourcenschwachen Kantone, zusätzliches Steuersubstrat in Form von Gewinnen anzuziehen, deutlich vergrössert. Daher sei das Postulat als erfüllt zu erachten, weshalb es der Bundesrat zur Abschreibung beantragte. Dem pflichteten der Nationalrat und der Ständerat in der Wintersession 2018 respektive in der Sondersession 2019 stillschweigend bei.

Im August 2018 erschien der dritte Wirksamkeitsbericht zum Finanzausgleich 2016-2019, den der Bundesrat dem Parlament alle vier Jahre vorlegt. Darin bilanziert die Regierung den Vollzug und die Wirksamkeit des Finanzausgleichs zwischen Bund und Kantonen, so dass das Parlament daraus Konsequenzen ziehen und gegebenenfalls Anpassungen des Finanzausgleichssystems vornehmen könnte. Während die ersten zwei Berichte (2008-2011, 2012-2015) den Übergang vom alten zum neuen Finanzausgleichsystem beinhaltet hatten, fokussierte dieser dritte Bericht auf die Überprüfung der Zielerreichung sowie auf Systemanpassungen beim Finanzausgleich. Die Aufgabenteilung hingegen soll im Bericht zur Motion der FK-NR (Mo. 13.3363) erläutert werden.
Der dritte Wirksamkeitsbericht zeigt auf, dass die Ziele gemäss FiLaG in der Periode 2016-2019 grösstenteils erfüllt wurden. Der Bericht hob hervor, dass der Anteil zweckfreier Transfers am Gesamtvolumen der Transfers zwischen Bund und Kantonen von 31 Prozent (2007) auf 40 Prozent erhöht wurde. Dies soll helfen, die kantonale Finanzautonomie zu wahren. Gleichzeitig gelang es, die Unterschiede in der finanziellen Leistungsfähigkeit zwischen den Kantonen mithilfe des Ressourcenausgleichs um einen Drittel zu reduzieren. Dabei veränderte der Ressourcenausgleich die Position der ressourcenstarken Kantone mit tiefen Grenzabschöpfungsquoten – also dem Anteil, um den der Zuschuss aus dem Ressourcenausgleichstopf gekürzt wird, wenn die Steuerkraft steigt – im Steuerwettbewerb nicht. Ressourcenschwache Kantone hingegen haben aufgrund der relativ hohen Grenzabschöpfungsquote von durchschnittlich 80 Prozent kaum Anreize, ihr Ressourcenpotenzial zu steigern – dadurch würden ihnen teilweise sogar mehr Zuschüsse entgehen, als sie zusätzliche Steuern einnehmen könnten. Überdies wurde die minimale finanzielle Pro-Kopf-Ressourcenausstattung von 85 Prozent des schweizerischen Durchschnitts in den Jahren 2016 bis 2018 sogar übertroffen: Der ressourcenschwächste Kanton Jura erzielte eine Ausstattung von 88 Prozent. Dabei hat sich gezeigt, dass das Mindestausstattungsziel angemessen, jedoch die Dotation des Ressourcenausgleichs zu hoch war.
Kaum Veränderungen stellte der Bericht schliesslich bei den Sonderlasten fest: Gedeckt würden 30 Prozent der geografisch-topografischen Sonderlasten, 10 Prozent der demografischen Sonderlasten und 4 Prozent der Kernlasten.

Im September 2018 legte der Bundesrat seine Botschaft zur Änderung des Bundesgesetzes über den Finanz- und Lastenausgleich (FiLaG) vor. Diese basiert insbesondere auf der Feststellung im dritten Wirksamkeitsbericht zum Finanzausgleich, wonach der Ressourcenausgleich bisher zu hoch dotiert war. Anstelle der angestrebten 85 Prozent hatte die Mindestausstattung des ressourcenschwächsten Kantons (Kanton Jura) im Jahr 2018 88.3 Prozent des schweizerischen Durchschnitts betragen. Sich auf den im März 2017 von der KdK verabschiedeten Antrag zur Optimierung des Finanzausgleichs stützend schlug der Bundesrat diesbezüglich einen Systemwechsel vor: Neu soll die politische Steuerung des Ressourcenausgleichs nicht mehr über die alle vier Jahre erfolgende Festlegung der Grundbeiträge, sondern über die Festlegung der Mindestausstattung für den ressourcenschwächsten Kanton erfolgen. Diese soll neu garantiert, nicht mehr bloss angestrebt, und entsprechend auf Gesetzesstufe bei 86.5 Prozent des schweizerischen Durchschnitts festgelegt werden. Da der effektive Wert bisher höher war, soll der Zielwert durch schrittweise Senkung erreicht werden. Durch diese Senkung sparen die ressourcenstarken Kantone sowie der Bund Geld. Der Anteil Ersterer an der Finanzierung des Ressourcenausgleichs wird zudem auf das verfassungsmässige Minimum von zwei Dritteln der Leistungen beschränkt, die dadurch entstehende Finanzierungslücke übernimmt der Bund. Der Bund wird seine Einsparungen in der Höhe von CHF 280 Mio. ins Ausgleichssystem reinvestieren und für eine höhere Dotation des soziodemografischen Lastenausgleichs sowie zur zeitlich beschränkten Abfederung der Auswirkungen dieser Änderungen auf die ressourcenschwächeren Kantone einsetzen. Schliesslich wird auch der Alpha-Faktor, der die Gewichtung der Vermögen im Ressourcenpotenzial beinhaltet, «an die fiskalische Realität», wie es der Bundesrat in seinem Bericht nannte, angepasst.

Mit diesen Änderungen erfüllte der Bundesrat die bereits seit langem gestellten Forderungen der Geberkantone. Deren Beiträge waren absolut in den letzten Jahren stetig angestiegen, weshalb sie eine Änderung des bisherigen NFA-Systems forderten. Der nun vorliegende Entwurf fand entsprechend bei ihnen allen Anklang; Unterstützung wurde ihm aber auch von den meisten Nehmerkantonen zuteil. In der zwischen März 2018 und Juni 2018 durchgeführten Vernehmlassung standen 21 Kantone der Revision positiv gegenüber. Einzig verschiedene ressourcenschwächere Kantone hatten sich explizit gegen die Vorlage und für eine Beibehaltung des heutigen Systems ausgesprochen (Wallis und Jura) respektive Vorbehalte angemeldet (Freiburg, Neuchâtel und Bern). In den Medien der Romandie wurde denn auch insbesondere thematisiert, dass mit Freiburg, dem Wallis, Neuchâtel und Jura insbesondere französischsprachige Kantone von der Revision benachteiligt würden. Die Deutschschweizer Medien hingegen fokussierten insbesondere darauf, dass der Bund die Einigung zwischen den Kantonen durch die Reinvestition der CHF 280 Mio., die er theoretisch sparen könnte, «erkauft» habe.

«Historischer Kompromiss» (Hannes Germann; svp, SH), «gelebte Solidarität» (Werner Hösli; svp, GL), «Garant für einen funktionierenden Föderalismus und auch für den nationalen Zusammenhalt» (Peter Hegglin; cvp, ZG). Mit diesen, grossen Enthusiasmus demonstrierenden Worten begann die Debatte zum Bundesgesetz über den Finanz- und Lastenausgleich (FiLaG) in der Wintersession 2018 im Ständerat. Auch die FK-SR hatte zuvor in ihrer Medienmitteilung vom Oktober 2018 betont, die Vorlage sei «ausgewogen» und trage den Interessen der Geber- und Nehmerkantone sowie des Bundes Rechnung. Entsprechend eindeutig nahm sie diese mit 10 zu 0 Stimmen bei 2 Enthaltungen an. Ganz so einhellig wie es zu Beginn der Debatte den Anschein machte, war die Stimmung im Rat dann aber doch nicht. Raphaël Comte (fdp, NE) kritisierte die allgemeine Haltung, den Antrag der KdK als heiligen Text und somit als unabänderlich darzustellen. Der Bundesrat hatte dem Parlament nämlich eine im Vergleich zum Vernehmlassungsentwurf unveränderte Version vorgelegt, obwohl eine Minderheit der Kantone Vorbehalte angemeldet hatte – darunter auch Neuenburg – oder den Entwurf als Ganzes gar ablehnte. Beat Rieder (cvp, VS) ergänzte diese Kritik durch die Sicht eines Vertreters eines der beiden Kantone, die sich in der Vernehmlassung gegen die Vorlage ausgesprochen hatten: Die Reduktion der Finanzierung des Fonds um CHF 400 Mio. komme einer Schwächung des Finanzausgleichs gleich, zudem seien die Auswirkungen der Revision einseitig zulasten der Nehmerkantone verteilt, bemängelte er. Denn während die Geberkantone dadurch jährlich zwischen CHF 6 Mio. und CHF 43 Mio. einsparen könnten, müssten die Nehmerkantone jährlich Verluste zwischen CHF 6 Mio. und CHF 146 Mio. tragen. «Die Vorlage taugt nur, wenn die fiskalpolitischen Disparitäten zwischen den reichen und den armen Kantonen kleiner und nicht grösser werden», rief er den Zweck der NFA in Erinnerung. Er bat den Rat deshalb um die Unterstützung zweier Minderheitsanträge, welche den Verwendungszweck der frei werdenden Mittel des Bundes ändern und so die Verluste der ressourcenschwächsten Kantone stärker abfedern sollten.
Der erste Minderheitsantrag Fournier (cvp, VS) verlangte, den über die Jahre abnehmenden Betrag für die Abfederungsmassnahmen durch einen gleich bleibenden Durchschnittswert zu ersetzen. Die Beteuerungen von Hannes Germann, verschiedenen anderen Ständerätinnen und Ständeräten sowie von Finanzminister Maurer, wonach die Bestimmung bezüglich des über die Jahre abnehmenden Betrags den Kompromiss erst ermöglicht hätte und dieser durch diesen Minderheitsantrag gefährdet sei, bestritt Christian Levrat (sp, FR) vehement. Mit 34 zu 8 Stimmen entschied sich der Ständerat dennoch für den bundesrätlichen Vorschlag. Auch der zweite Minderheitsantrag Fournier mit der Forderung, die Abfederungsmassnahmen nicht pro Kopf, sondern entsprechend den Verlusten durch die Neuregelung zu verteilen, wurde mit 33 zu 10 Stimmen bei 1 Enthaltung abgelehnt. Alle übrigen Punkte passierten die grosse Kammer diskussionslos und auch in der Gesamtabstimmung stellte sich der Ständerat deutlich hinter die Vorlage: Mit 37 zu 3 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) nahm er die Vorlage an. Die ablehnenden Voten stammten – wie bereits in der Vernehmlassung – von der Vertreterin und dem Vertreter des Kantons Jura und des Kantons Wallis, wobei der zweite Walliser Vertreter Jean-René Fournier (cvp, VS) als Ratspräsident keine Stimme abgab.

Im März 2019 beriet die FK-NR das Bundesgesetz über den Finanz- und Lastenausgleich (FiLaG) und entschied mit 13 zu 10 Stimmen (bei 2 Enthaltungen), die bis zu CHF 280 Mio. pro Jahr, welche gemäss bundesrätlicher Botschaft für den soziodemografischen Lastenausgleich hätten eingesetzt werden sollen, gleichmässig auf den soziodemografischen und den geografisch-topografischen Lastenausgleich zu verteilen. Gemäss Medienberichten hatte Thomas Egger (csp, VS), Direktor der Schweizerischen Arbeitsgemeinschaft für das Berggebiet, dreizehn Anträge zur Besserstellung der Bergkantone eingereicht, von denen aber nur dieser eine angenommen wurde. Dieser Mehrheitsantrag der Kommission warf in den Medien einigen Wellen: Es wurde befürchtet, dass dadurch das «fragile Bauwerk», wie der St. Galler Regierungsrat und Präsident der KdK Benedikt Würth (SG, cvp) den Kompromiss zum Finanzausgleich bezeichnete, gefährdet würde.
Dazu kam es Anfang Mai 2019 in der Sondersession jedoch nicht. Mit 158 zu 26 Stimmen (bei 8 Enthaltungen) sprach sich der Nationalrat deutlich für einen Minderheitsantrag von Mattea Meyer (sp, ZH) aus und stimmte dem vom Ständerat angenommenen bundesrätlichen Vorschlag zu. Zustimmung fand die Version der Kommissionsmehrheit lediglich bei Vertreterinnen und Vertretern der Bergkantone (insbesondere der Kantone Wallis und Bern) aus den Fraktionen der SVP, SP und CVP/EVP.
Zwei Differenzen zum Ständerat schuf der Nationalrat jedoch: Er fügte dem Gesetz eine Koordinationsbestimmung zur STAF und eine Ziffer zur Berücksichtigung der Ergänzungsbeiträge bei der Berechnung der Mindestausstattung hinzu. Weitere Minderheitsanträge, zum Beispiel zur Senkung des maximalen Ressourcenpotenzials pro Kopf auf 85 Prozent (Minderheit Keller; svp, NW), zur Erweiterung der Kennzeichen für eine hohe soziodemografische Belastung (Minderheit Bendahan; sp, VD), zu einem Einbezug der Berichterstattung zum Finanzausgleich in die Staatsrechnung (Minderheit Kiener Nellen; sp, BE) oder zu einer möglichen Weiterführung der temporären Abfederungsmassnahmen über das Jahr 2025 hinaus (Minderheit Bourgeois; fdp, FR) waren hingegen allesamt erfolglos.

In der Sommersession 2019 behandelte der Ständerat die verbliebenen Differenzen im Bundesgesetz über den Finanz- und Lastenausgleich (FiLaG). Die vom Nationalrat eingeführte Koordinationsbestimmung sei erforderlich, weil die STAF, die Volk und Stände in der Zwischenzeit angenommen hatten, eine Änderung des FiLaG beinhalte und teilweise dieselben Artikel betreffe wie die aktuelle Vorlage, erklärte Hannes Germann (svp, SH) für die Kommission. Diskussionslos und stillschweigend nahm der Rat die entsprechenden Änderungen an zwei Stellen an.
In den Schlussabstimmungen sprachen sich der Nationalrat mit 185 zu 7 Stimmen bei 4 Enthaltungen und der Ständerat mit 37 zu 3 Stimmen bei 4 Enthaltungen für die Vorlage aus. Die ablehnenden Stimmen stammten entweder von Vertretenden der Kantone Jura, Wallis und Neuchâtel, welche die Vorlage bereits in der Vernehmlassung kritisiert hatten, oder von Mitgliedern der SVP.

Gegen Fehlanreize in der NFA insbesondere durch eine tiefere Gewichtung der Unternehmensgewinne wehrte sich der Kanton Luzern 2017 mit einer Standesinitiative. Der Regierungsrat des Kantons beklagte in der Begründung, dass die Steuerkraft und das Ressourcenpotenzial des Kantons zwar anstiegen, dadurch aber seine NFA-Einnahmen überproportional sinken würden und der Kanton somit netto Finanzmittel verliere.
Im August 2018 beschäftigte sich die FK-SR mit der Standesinitiative und stellte fest, dass sich diesbezüglich in der Zwischenzeit viel getan hatte. In Zukunft sollten die Einnahmen aus Unternehmenssteuern durch die im Rahmen der Steuervorlage 17 geplante Anpassung des Zeta-Faktors für die Berechnung des Ressourcenpotenzials weniger stark gewichtet werden. Um die Entscheidung zur mittlerweile in STAF umbenannten Steuervorlage 17 abzuwarten, verschob die Kommission ihre Entscheidung zur Standesinitiative auf einen späteren Zeitpunkt. Im Oktober 2018 beantragte sie dem Ständerat schliesslich, in Anbetracht der Integration der Problematik in das STAF und in die Teilrevision des Bundesgesetzes über den Finanz- und Lastenausgleich der Standesinitiative keine Folge zu geben. In der Wintersession 2018 folgte die kleine Kammer diesem Antrag stillschweigend.

Im Januar 2019 debattierte die FK-SR über die Standesinitiative des Kantons Luzern zu den Fehlanreizen in der NFA. Die Kommission bezweifelte, dass es sinnvoll sei, den mit der FiLaG-Revision geschmiedeten Kompromiss wegen dieser Forderung nochmals aufzuschnüren. Der Kanton Luzern verfüge zudem über die Möglichkeit von Steuererhöhungen; der Standesinitiative solle daher keine Folge gegeben werden, erklärte die Kommission.
In der Sondersession im Mai 2019 beriet der Nationalrat den Luzerner Vorschlag zusammen mit der FiLaG-Revision. Franz Grüter (svp, LU) hatte zuvor einen Minderheitsantrag auf Folge geben eingereicht und legte die Luzerner Sicht dar: Von der Beseitigung der Fehlanreize in der NFA würden Geber- und Nehmerkantone profitieren – die Initiative betreffe also nicht nur den Kanton Luzern –, erklärte er. Der Nationalrat entschied sich jedoch mit 136 zu 52 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) gegen Folge geben. Lediglich eine Mehrheit der SVP-Fraktion sowie einzelne Parlamentarierinnen und Parlamentarier der FDP- und der CVP/EVP-Fraktion befürworteten die Standesinitiative.