Zu den eidgenössischen Abstimmungen hat die AP folgende Parolen ausgegeben: Nein zu den Volksinitiativen über den Strassenbau (freie Aarelandschaft zwischen Biel und Solothurn/Zuchwil, autobahnfreies Knonauer Amt, autobahnfreie Landschaft zwischen Murten und Yverdon und «Stopp dem Beton») und die AKW-Politik (Ausstieg aus der Atomenergie, Moratorium) sowie zum Energieartikel und dem Rebbaubeschluss, Ja zu den Revisionen der Bundesrechtspflege und des Strassenverkehrsgesetzes.

Zu den eidgenössischen Abstimmungen fasste die Auto-Partei die Ja-Parole bezüglich des Wahl- und Stimmrechtsalters 18 und lehnte die Initiative zur Förderung des öffentlichen Verkehrs ab. Ebenfalls abgelehnt wurden die Bundesfinanzreform, weil die direkte Bundessteuer beibehalten wurde, und die Barras-Reform. Die AP unterstützte auch das rechtsbürgerliche Referendumskomitee gegen den Beitritt zum IWF und zur Weltbank. Die im Vorjahr von der AP lancierte Volksinitiative für eine Abschaffung der direkten Bundessteuer kam nicht zustande.

Zu sämtlichen eidgenössischen Abstimmungsvorlagen ausser jener über die Revision des Stempelsteuergesetzes empfahl die AP die Nein-Parole. Diejenige zum EWR-Beitritt wurde einstimmig gefasst.

Bei den Parolen zu den eidgenössischen Abstimmungen ergaben sich neun Abweichungen zum Fraktionspartner SD. Insbesondere unterstützte sie zusammen mit den links-grünen Parteien die Volksinitiative «Für eine Schweiz ohne neue Kampfflugzeuge» und gab Stimmfreigabe für die zweite Armeeinitiative «40 Waffenplätze sind genug» heraus. Die Werbeverbote für Tabak und Alkohol lehnte sie dagegen ab.
Die Lega lancierte ein Referendum gegen ein Schweizer Kontingent von UNO-Blauhelmen, wobei sie von den SD unterstützt wurde.

Bei den eidgenössischen Abstimmungen stimmte die FPS achtmal gegen Bundesrat und Parlament und bejahte insgesamt nur gerade drei der eidgenössischen Vorlagen. Vehement wehrte sie sich namentlich auch gegen das Anti-Rassismus-Gesetz.