Im Eisenbahnverkehr wurden 1985 mit dem Konzept «Bahn 2000», der Wiederaufnahme der Diskussion um eine neue Alpentransversale und der Botschaft des Bundesrates über den neuen Leistungsauftrag an die SBB die Grundlagen der künftigen Politik für den öffentlichen Verkehr geschaffen. Nachdem das Projekt des Baus neuer Haupttransversalen (NHT) zwischen Lausanne und St. Gallen und von Basel nach Olten im Vernehmlassungsverfahren zwiespältig aufgenommen worden war, beschlossen die Bahn-Verantwortlichen, ihre ursprünglichen NHT-Pläne zu einem Angebotskonzept für den gesamten Eisenbahnverkehr umzugestalten. Dieses Bahnleitbild der Zukunft stellten sie der Öffentlichkeit im Berichtsjahr unter dem Titel «Bahn 2000» vor. Im Kern geht es darum, die vorgesehenen Schnellbahnlinien bescheidener zu bauen und besser mit den übrigen Eisenbahnverkehrsbedürfnissen – vor allem jener anderer Regionen zu verknüpfen. Landesweit soll ein qualitativ hochstehendes Bahnangebot mit häufigeren und zusätzlichen direkten Verbindungen, besseren Anschlüssen und dadurch kürzeren Gesamtreisezeiten verwirklicht werden. Das Projekt umfasst das gesamte Bahnnetz inklusive Privatbahnen und überregionale Buslinien und schafft auch die Voraussetzungen für bessere Anschlüsse und durchgehende Zugsläufe im internationalen Verkehr.
Im Gegensatz zum NHT-Konzept sind für «Bahn 2000» nicht mehr möglichst hohe Zugsgeschwindigkeiten auf den Hauptachsen die erste Priorität; Ziel ist vielmehr, dass die Züge so rasch als nötig fahren, um auf möglichst vielen Umsteigebahnhöfen bei einem Minimum an Wartezeiten ein Maximum an Anschlüssen anbieten zu können. Dazu ist vorgesehen, dass an den Knotenbahnhöfen die Züge von allen Seiten her kurz hintereinander eintreffen und wieder ausfahren, wobei sich diese sogenannten «Spinnen» wegen der leichteren Merkbarkeit des Fahrplans zu jeder vollen Stunde wiederholen sollen. Damit die heutigen Fahrzeiten, die alle um 7-30 Prozent über der gewünschten Stunde liegen, verkürzt werden können, muss das bestehende Netz modernisiert und im Bereich der zentralen überlasteten Netzteile um vier Neubaustrecken von total 120~km Länge ergänzt werden. Diese vier neuen Abschnitte (Vauderens-Villars-sur-Glâne auf der Strecke Lausanne-Bern, Mattstetten-Rothrist im Raum Olten mit einer Verbindúngsstrecke Richtung Luzern, Olten-Muttenz (BL) sowie Zürich Flughafen-Winterthur) haben gleichsam «Rückgratfunktion» für die «Bahn 2000», da ohne sie weder eine optimale Verknüpfung der Zugsläufe in den Knotenbahnhöfen noch das erhöhte Zugsangebot möglich ist. Die beiden Neubaustrecken zwischen Basel und Bern erhöhen zudem die Leistungsfähigkeit der Transitachse Bern-Lötschberg-Simplon für den Güterverkehr und ermöglichen damit die volle Nutzung der Investition in den Doppelspurausbau der Lötschbergbahn.
Das ganze Vorhaben soll schrittweise bis zum Jahr 2000 verwirklicht werden. Die Investitionen in die festen Anlagen der SBB belaufen sich nach heutigem Planungsstand auf insgesamt CHF 5 bis 5.1 Mia., wovon CHF 2.3 bis CHF 2.4 Mia auf die Neubaustrecken entfallen. Daneben ist für den Ausbau der Privatbahnen ebenfalls mit erheblichen Investitionen zu rechnen, für die voraussichtlich rund CHF 1 Mia an Bundesmitteln bereitzustellen ist.
Im Dezember verabschiedete der Bundesrat zuhanden des Parlaments drei separate Bundesbeschlüsse über die Realisierung dieses neuen Bahnkonzepts. Gleichzeitig entschied er sich in seiner Botschaft zur «Bahn 2000» bezüglich der umstrittenen Linienführung zwischen Mattstetten und Rothrist für die «Variante Süd» via Koppigen, welcher als ursprünglicher NHT-Strecke wegen des beträchtlichen Kulturlandverlustes schon frühzeitig Opposition erwachsen war. Die Landesregierung stellte zwar fest, dass auch die vom VCS vorgeschlagene «Variante Nord» entlang der Autobahn N1 und der bestehenden SBB-Linie Biel-Olten das Ziel verkürzter Fahrzeiten erfiillen würde, gab aber der billigeren und technisch einfacher zu erstellenden «Variante Süd» den Vorzug; dabei plädierte sie dafür, durch Projektverbesserungen die Eingriffe in die IIandschaft auf ein Minimum zu beschränken. Während das Konzept der «Bahn 2000» als wichtiger und notwendiger Schritt auf dem Weg zu einem umweltfreundlichen, attraktiven öffentlichen Verkehrswesen der Zukunft mehrheitlich begrüsst wurde, fühlten sich die Betroffenen, vor allem der Kanton Bern, vom Variantenentscheid des Bundesrates brüskiert. Auf Unverständnis stiess insbesondere, dass sich die Exekutive bei ihrer Wahl weitgehend an den zu erwartenden Baukosten orientierte, obwohl die von Umweltschutzkreisen geforderte Variante entlang der N 1 neben dem Vorteil der Bündelung der Verkehrsimmissionen auch eine Aufwertung der Jurasüdfusslinie – wie sie die Westschweizer Stände wünschten – zur Folge hätte. Der Entscheid über die definitive Streckenführung liegt nun beim Parlament und untersteht dem fakultativen Referendum.