C'est une enquête du cabinet Deloitte, publiée en août 2021 et relayée par la presse nationale, qui a mis le feu aux poudres : la raison principale pour laquelle les consommatrices et consommateurs renoncent à acheter des produits bios est leur prix surfait. En effet, ils sont en moyenne 50 pour cent plus chers que les produits conventionnels, alors que les surcoûts liés à cette méthode de production ne seraient que de 10 à 13 pour cent. La différence s'expliquerait par la marge plus élevée que les commerces de détail encaissent sur ces produits labellisés. Réagissant à cette étude, Coop a d'un côté justifié cette différence par les coûts annexes supplémentaires générés à chaque étape pour les produits biologiques. Puis, Migros a d'un autre côté fait référence aux produits biologiques Alnatura dont les prix sont semblables aux produits conventionnels. Pour sa part, Aldi a déclaré ne pas appliquer de politique différenciée entre les denrées labellisées et non labellisées. Que les consommatrices et consommateurs achètent des produits labellisés en cas de baisse de leur prix avait déjà été démontré par Agroscope dans une étude publiée en 2020. Le centre de recherche, mandaté par la protection suisse des animaux (PSA), s'était penché sur le cas de la viande, et a pu constater que ce levier de consommation s'applique particulièrement à la viande de porc.
C'est également durant l'été 2021 qu'on apprenait qu'un accord sectoriel initié par la PSA avec les détaillants pour réduire l'écart de prix entre viande conventionnelle et viande labellisée avait été rejetée par la Comco à cause de la loi sur les cartels (LCart). La Comco redoutait ainsi que la concurrence soit faussée entre les détaillants. Réagissant à cette décision, la PSA a demandé aux autorités d'agir, voire, d'instaurer un Ombudsman chargé de régler ces grandes différences de prix lorsqu'elles ne sont pas justifiées. Les chiffres récoltés chaque mois par l'OFS sur le prix des denrées alimentaires montrent des écarts allant du double au triple, s'agissant des produits carnés labellisés et bios.
En 2022, une tribune signée dans la NZZ par les professeurs Paul Richli et Mathias Biswanger revenait sur la décision de la Comco. Les deux professeurs critiquaient alors la situation de monopole dans laquelle se trouvent les détaillants Migros et Coop en Suisse face aux agricultrices et agriculteurs, qui n'ont souvent d'autre choix que de vendre leur production aux deux géants orange. Suite à une modification de la LCart en début d'année, cette situation pourrait être dénoncée pour défaillance de marché. La même année, tant l'USP que la Fédération romande des consommateurs (FRC) réclamaient plus de transparence sur la formation des prix, dénonçant un système qui rétribue de moins en moins les productrices et producteurs. La FRC dévoilait ainsi une enquête détaillée sur la formation des prix des produits agricoles et la marge conséquente des distributeurs sur les produits bios. Ainsi, une carotte bio ne coûte à la production que 40 pour cent plus cher qu'une carotte conventionnelle, mais est revendue jusqu'à 116 pour cent plus cher, selon les mois. Soulever le voile qui obscurcit cette boîte noire de la chaîne agroalimentaire permettrait, selon la secrétaire générale de la FRC et conseillère nationale verte Sophie Michaud Gigon (VD), aux consommatrices et consommateurs de savoir dans quelles poches va leur argent : dans celles des producteurs ou dans celles des distributeurs ? Faire la transparence sur l'entier de la chaîne est pourtant difficile à cause de ce qui ressemble à une omerta, selon la FRC, des milieux maraîchers qui ont peur des conséquences en cas de témoignage.
Des difficultés, Monsieur Prix de la Confédération en a aussi rencontré lorsqu'il s'est penché sur ce dossier. Après avoir dû retarder la publication d'un rapport sur la question à cause de l'opposition de la Migros, Stephan Meierhans a pu, en janvier 2023, dévoiler une partie des résultats de son enquête sur les marges abusives des grands distributeurs sur les produits bios. Monsieur Prix explique ces marges élevées par le peu de concurrence sur le marché de la distribution en Suisse. Afin de réduire les prix des produits bios, Stefan Meierhans a proposé aux grands distributeurs un engagement volontaire impliquant une marge maximale. Mais ces discussions ont échoué, les distributeurs refusant de voir leurs prix baisser. Pour la Fondation pour la protection des consommateurs (SKS), c'est maintenant à la Comco – seul organe habilité à infliger des amendes – de se pencher sur ces marges.
Au-delà des produits bios, c'est l'ensemble du secteur qui semble être touché par un manque de transparence dénoncé de manière récurrente dans les médias. Au point où une nouvelle association s'est formée pour combattre cet état de fait. Uniterre a, pour sa part, lancé en août une campagne d'informations intitulée «Les paysans et les paysannes se font rouler dans la farine» pour, d'un côté, sensibiliser les consommatrices et consommateurs à cette thématique et, d'une autre côté, réclamer une plus grande transparence de la part des grands distributeurs. Le syndicat paysan exige, de plus, que la Confédération réglemente mieux les marchés agricoles pour garantir des prix équitables aux productrices et producteurs. La politique n'est pas en reste, de nombreuses interventions ayant été déposées ces dernières années au Parlement sur cette problématique. La chambre haute doit se prononcer sur deux interventions (Mo. 21.3730; Iv. pa.22.477) acceptées par le Conseil national à ce sujet. La chambre du peuple a, toutefois, refusé d'instaurer un Ombudsman qui aurait été chargé de régler les conflits s'agissant des prix.