La protection civile a comptabilisé 300'000 jours de service dans le cadre de la lutte contre le Covid-19. En support du personnel des hôpitaux et des établissements médico-sociaux, les 24'000 astreints à la protection civile ont notamment installé des hôpitaux d'urgence et des centres de consultation. Ils ont été principalement mobilisés dans les cantons densément peuplés gravement touchés par la crise comme les cantons de Vaud (environ 70'000 jours de service), de Genève (40'000), de Zurich (32'000) et du Tessin (12'000). Un contingent de 850'000 jours de service au maximum était disponible pour la période du 21 mars au 30 juin 2020. Le Conseil fédéral a alloué 23 millions CHF et a comblé pour les membres de la protection civile – comme pour les militaires – la différence entre l’indemnisation versée à titre d’APG et leur revenu intégral. Estimée à CHF 6 millions, cette mesure a été couverte par le crédit alloué par le Conseil fédéral à l'engagement de la protection civile. L'objectif visait à éviter une perte de revenu pour les indépendantes et indépendants et les employées et employés dont l’employeur n’avait pas prévu de leur verser le plein salaire.

Les cantons pourront bénéficier du soutien de la protection civile – en plus de celui de l'armée – pour faire face à la deuxième vague du Covid-19. Le Conseil fédéral met à leur disposition un contingent maximal de 500'000 jours de service jusqu'au 31 mars 2021, si les autres moyens d'appui ne sont pas suffisant ou si l'engagement est urgent.

Le Conseil fédéral demande au Parlement d'approuver l'arrêté fédéral relatif à l'engagement de l'armée en service d'appui en faveur des autorités civiles dans le cadre des mesures destinées à lutter contre le Covid-19. Dans son message, il détaille le déroulement de l'engagement fourni jusqu'à présent et qui se poursuit. Ce dernier a débuté le 6 mars 2020, lorsque le DDPS a été chargé de mobiliser 800 militaires jusqu'au 27 mars 2020, afin de renforcer le système de santé des cantons. Dix jours plus tard, le Conseil fédéral prolongeait l'engagement jusqu'au 30 juin 2020 et décidait la mise sur pied d'une troupe de maximum 8'000 militaires. Pour réunir les effectifs nécessaires, l'armée a alors mobilisé, prolongé des cours de répétition et même convoqué des militaires encore incorporés, ayant déjà accompli leur service long. Plus de 80% des militaires convoqués sont entrés en service à temps et à l'endroit prévu. Leurs jours de service exécutés seront imputés jusqu'à l'équivalent de deux cours de répétition. L'armée a également pu affecter dans les soins généraux et médicaux 120 anciens militaires et militaires incorporés, parmi les 3'500 qui se sont portés volontaires.
Actuellement, l'armée soutient une cinquantaine d'installations hospitalières en Suisse et au Liechtenstein. Elle remplace le personnel soignant pour les soins de base, transporte les malades contagieux, effectue des tests de dépistage, etc. Début avril, 2'400 militaires s'occupaient de soins de base. Un contingent assiste également l'Administration fédérale des douanes (AFD) dans l'application des restrictions appliquées à l'ALCP. Des représentations étrangères sises dans les cantons de Vaud et de Genève ont déjà pu bénéficier de la protection de l'armée, qui, renforce les corps de police cantonaux en cas de besoin.
En parallèle de l'engagement militaire, le Conseil fédéral a fait appel aux personnes astreintes à servir dans la protection civile. Leurs missions consistent à soutenir les services de la santé publique et les institutions de soins, à ravitailler les forces d'intervention et à gérer les centres d'appels téléphoniques. Un contingent maximal de 850'000 jours de service, limité au 30 juin 2020, est à disposition des cantons.
S'agissant des finances, le message indique que les militaires seront indemnisés pour toute la durée de leur service, même-ci elle excède la durée ordinaire du service d'instruction prévu pour l'année en cours. Les charges supplémentaires engendrées par l'appui subsidiaire de l'armée devraient être absorbées par le budget ordinaire du DDPS. A défaut, il sollicitera un crédit supplémentaire. Le surcroît de charges lié aux allocations de pertes de gain (APG) est couvert par les mesures éditées par le Département fédéral de l'intérieur (DFI). La Confédération prendra en charge la part du salaire ou du revenu d'indépendant qui n'est pas compensée par l'APG. Enfin, l'indemnisation des cantons prévue pour la protection civile - d'un montant forfaitaire de 27.5 francs par jour de service pour un montant maximal de 23.4 millions- sera prélevée sur le budget de l'OFPP.

La CPS-CE et la CPS-CN ont chacune approuvé, à l'unanimité, le service d'appui de l'armée dans le cadre de la lutte contre le Covid-19. Elles saluent l'engagement des troupes et adressent leurs remerciements aux militaires. Enfin, elles jugent pertinent d'analyser ultérieurement l'engagement afin d'en tirer les enseignements nécessaires pour l'avenir.
Lors de sa séance, la CPS-CN a en outre rejeté une série de propositions de modification visant entre autres, à imputer l'intégralité du service d'appui au service d'instruction obligatoire des militaires concernés et à limiter le soutien aux frontières jusqu'au 8 mai 2020 au plus tard.

Au Conseil des Etats, l'arrêté fédéral sur le service d'appui de l'armée dans le cadre de la lutte contre le Covid-19 a été adopté à l'unanimité, à la suite de l'intervention du rapporteur de la CPS-CE et de Viola Amherd.
Le Conseil national l'a approuvé par 155 voix contre 8 et 31 abstentions. La gauche n'a pas réussi à faire imputer au service d'instruction obligatoire l'intégralité du service d'appui. Bien que salué par tous les partis, l'engagement des membres de l'armée a essuyé des critiques lors du débat, notamment de la part des Verts. Fabien Fivaz (verts, NE) accuse l'armée d'avoir «créé un risque inacceptable pour la population», par manque de protection de son personnel. Selon les chiffres communiqués par Viola Amherd, 3'800 soldats des 5'000 mobilisés sont – début mai – encore engagés dans 19 cantons. L'armée a reçu 370 demandes des cantons, 70 soutiens sont encore en cours.

L'engagement de l'armée dans la lutte contre la Covid-19 a fait l'objet de plusieurs critiques. A plusieurs reprises, des militaires et des membres de la protection civile ont affirmé dans les médias se sentir «inutiles»,«désœuvrés» ou prenant la place du personnel médical. Le Syndicat des services publics cantonal genevois a d'ailleurs exprimé son effarement à ce sujet: «il est incompréhensible que les Hôpitaux universitaires Genève (HUG) préfèrent des militaires peu formés à du personnel soignant expérimenté». En réponse à ces plaintes, Thomas Süssli a précisé que l'armée déployait ses troupes sur la base des besoins définis et communiqués par les structures hospitalières. Outre ces sentiments d'inutilité et d'inaptitude, plusieurs mobilisés ont exprimé leurs craintes d'être infectés par le virus dans les casernes ou sur le terrain.

En début de crise, plusieurs voix s'étaient déjà manifestées pour discuter du futur de l'armée. Le conseiller national Fabien Fivaz (verts, NE) – bien que saluant l'engagement de l'armée – demandait d'évaluer quelles missions dévolues à l'armée étaient encore indispensables. Le GSsA a d'ailleurs dressé une liste des priorités futures pour la politique sécurité suisse – remettre en question les missions de sécurité et de défense des forces armées, ne pas renouveler la flotte des avions de combats ni les ressources au sol, miser sur le service civil qui est plus souple et durable que les forces armées. D'autres ont demandé une plus grande perméabilité entre l'armée et la protection civile ou à l'instar de Priska Seiler Graf (ps, ZH) de s'appuyer davantage sur le service civil pour les tâches de soins de longue durée que sur l'armée.

En raison de la deuxième vague du Covid-19, le Chef de l'armée ordonne la suspension des grands exercices de troupes jusqu'à fin 2020 pour préparer à un nouvel engagement en faveur des autorités civiles. S'agissant des cours de répétition, sont maintenus seulement ceux qui pourraient être utiles pour faire face à la crise. Dès fin octobre, le recrutement sera suspendu pour au moins trois semaines.

Lors du premier trimestre 2021, seuls les cours de répétition des formations pouvant contribuer à la lutte contre le coronavirus seront maintenus. Près de 5'000 des 12'000 nouvelles recrues débuteront leur école de recrues sous la forme d'un enseignement à distance. Alors que les recrues des écoles sanitaires et d'hôpital feront leur entrée physiquement en caserne le 18 janvier, les autres devront patienter jusqu'au 8 février. En attendant, ils devront acquérir les connaissances théoriques de base sur l’armée et la vie militaire depuis leur domicile, tout en poursuivant un programme d'entraînement sportif. Les résultats des six heures d'autoformation et d'apprentissage quotidiennes, ainsi que les quatre heures d'entraînement sportif hebdomadaires seront vérifiés lors de l'entrée en service.

Le programme d'apprentissage à domicile à la disposition des recrues sur le Learning Management System (LMS) a connu quelques problèmes dès son lancement, en raison de l'utilisation accrue du réseau de la Confédération induite par le retour au télétravail des fonctionnaires. Quelques jours plus tard, une faille de sécurité – permettant l'accès aux données d'autres personnes – dans le LMS a été relevée et rapidement corrigée. Un second incident a été signalé quelques semaines après. Il était possible de consulter les adresses mail ou numéros personnels d'autres personnes ayant accès au système. Relayés par les médias, le DDPS a tenu à préciser la nature et le caractère indépendant de ces incidents.

L'armée pourra comme au printemps être mobilisée en service d'appui des hôpitaux dans le domaine des soins de base ou le transport de patients. Jusqu'à 2'500 militaires pourront être engagés, à condition que les cantons en fassent la demande et qu'ils prouvent que les ressources – en matériel et en personnel – civiles sont épuisées. Les cantons pourront recourir à cet appui jusqu'au 31 mars 2021. L'arrêté est soumis pour approbation au Parlement. Des formations professionnelles, des militaires en service long, des formations en service et des volontaires assureront l'appui. Des formations supplémentaires seront mobilisables dans les 96 heures suivant le déclenchement de l'engagement. Les militaires engagés se verront imputer jusqu'à 38 jours de service pour cet appui.
Depuis le 27 octobre 2020, plusieurs cantons ont adressé une demande pour bénéficier du soutien de l'armée. Celles des cantons de Vaud, de Fribourg, de Berne, de Bâle-Ville et du Valais ont été approuvées. Environ 200 membres de la compagnie sanitaire 1 ont été convoqués par SMS pour un engagement en faveur du canton de Genève. En Valais, 39 soldats sanitaires de la «compagnie de volontaires du Valais» soutiennent les hôpitaux de Sion, de Martigny et de Viège.

A l'unanimité, le Conseil national et le Conseil des Etats ont adopté l'arrêté fédéral sur le service d'appui de l'armée en faveur des services de santé civils dans le cadre des mesures destinées à lutter contre la deuxième vague de l'épidémie de Covid-19. Si les hôpitaux pourront être soutenus par 2'500 militaires jusqu'au 31 mars 2021, l'Assemblée fédérale n'autorise pas l'engagement de militaires dans les établissements médico-sociaux. Au Conseil national, la gauche aurait voulu qu'au lieu de deux cours de répétition, ce soit la totalité des jours effectués qui soit imputée.

Si la Pharmacie de l'armée était en charge de la logistique des vaccinations, l'armée ne procédera pas à la vaccination. Son rôle s'arrête au stockage et au transport des vaccins. La Conférence latine des affaires sanitaires et sociales (CLASS) avait pourtant demandé au DDPS et au DFI de déployer des militaires pour participer aux injections. Cette requête a été refusée, puisqu'elle ne figurait pas dans les tâches autorisées de l'armée, d'autant plus que les critères pour un engagement subsidiaire de l'armée n'étaient pas remplis. Le conseiller national Philippe Nantermod (plr, VS) s'en est étonné et a alors appelé à inclure cette tâche aux prérogatives de l'armée. Plusieurs conseillers d'Etat romands ont également manifesté leur incompréhension.

La Pharmacie de l'armée a été chargée de l'acquisition et du stockage de protection médicale pour le système de santé lors de la crise du Covid-19. Seule entité détenant une licence pour le commerce de gros médicaments et de certification d'acquisition de biens médicaux, elle a rempli sa mission en assurant la fourniture de masques, désinfectant et matériel respiratoire. A titre illustratif, le volume des acquisitions est passé de CHF 16 millions à un chiffre 150 fois plus élevé. Toutefois, des erreurs ont été commises surtout en début de crise et les médias en ont fait écho. Celles-ci ont été analysées et par souci de transparence, la population peut disposer de la documentation relative au mandat dévolu à la pharmacie de l'armée. Afin de développer cette nouvelle tâche d'intervention, le rôle de la pharmacie de l'armée est en cours de précision.

En 2020, 5 millions de jours de service ont été accomplis, dont 350'000 dans le cadre de l'appui aux autorités civiles lors de la crise du Covid-19. En raison de l'annulation et du déplacement de services d'instruction, 271'000 jours de service ont été effectué en moins par rapport à 2019. Le nombre de jours effectués dans le cadre des services de promotion de la paix à l’étranger a été légèrement supérieur (2019: 86'724; 2020: 90'761), alors qu'il a diminué de moitié pour l’appui d’activités civiles et d’activités hors du service avec des moyens militaires (2019: 26'930; 2020: 13'134). Enfin, s'agissant du service de police aérienne, elle est intervenue 15 fois contre 18 en 2019, et a procédé à 290 contrôles d'aéronefs d'Etats étrangers contre 270 en 2019.

La CPS-CE prie le Conseil fédéral d'analyser comment la gestion stratégique de crise peut être améliorée pour faire face à des situations de crise nationales. En considérant différents types de crise, il devra détailler quelle coordination avec le Réseau nationale de sécurité et quelles formations – incluant la Formation supérieure des cadres de l'armée et l'Office fédéral de la protection de la population – sont nécessaires pour assurer la capacité de conduite des états-majors dans de tels contextes. Comme préconisé par le Conseil fédéral, le Conseil des Etats a adopté le postulat.

En publiant son rapport, le Conseil fédéral a répondu au postulat de la CPS-CE qui demandait comment la gestion stratégique de crise peut être améliorée afin de lutter contre des situations de crise nationales.

La Commission de la politique de sécurité du Conseil des Etats (CPS-CE) a pris acte du rapport du Conseil fédéral relatif à la gestion des situations de crise par les autorités fédérales. Elle a demandé au Conseil fédéral de lui soumettre son projet d'ordonnance sur l'organisation de crise de l'administration fédérale lorsqu'il serait rédigé.

Le conseiller aux Etats Beat Rieder (centre, VS) charge le Conseil fédéral d'élaborer un rapport sur les futures tâches à attribuer à la pharmacie de l'armée en considérant l'expérience de la crise du Covid-19. Durant la crise, la pharmacie a été mandatée pour l'acquisition de biens médicaux importants pour les cantons et le système de santé. Pour ce faire, elle a dû engager du personnel et créer une organisation ad hoc. En parallèle, l'OFSP a rencontré des difficultés pour acquérir des vaccins par ses propres moyens. En prévision d'une prochaine crise, le sénateur valaisan demande de déterminer la compétence de ces tâches et de régler la question des interfaces avec l'approvisionnement du pays. Comme souhaité par le Conseil fédéral, le Conseil des Etats a adopté le postulat.

En pleine crise Covid, durant laquelle la pharmacie militaire a justifié son importance, Franziska Roth (ps, SO) a déposé un postulat afin de contrôler que la pharmacie de l'armée suisse remplit ses fonctions. Elle souhaitait ainsi compléter les évaluations déjà entreprises en faisant appel à une vision externe sans connexion ni avec l'armée, ni avec la politique, afin de garantir un point de vue objectif sur les capacités médicales de la pharmacie militaire.
Comme demandé par le Conseil fédéral, le postulat a été rejeté. Pour justifier leur point de vue, les sept sages ont mentionné tous les systèmes de contrôle déjà en place, tels qu'une vérification interne à l'armée et une certification externe, nommée ISO 13485 qui réévaluent les capacités de l'armée périodiquement. Ils ont aussi évoqué la planification d'une nouvelle vision pour la pharmacie militaire dans laquelle les demandes du postulat de Beat Rieder (pdc, VS) seront intégrées. Pour toutes ces raisons, le Conseil fédéral a estimé que le présent postulat n'apporterait rien de nouveau à la situation actuelle. Le Conseil national s'est joint à son avis en refusant le postulat par 123 voix contre 66.
A la suite du passage de l'objet devant le national, les résultats du dernier contrôle de certification ISO effectué en mars 2022 par une entreprise spécialisée indépendante ont été publiés. Le certificat a été délivré et sera valable jusqu'en mai 2025.

Comme au printemps et à l'automne 2020, le Conseil fédéral autorise un nouveau service d'appui de l'armée au profit des autorités civiles, soit 2'500 militaires pour soutenir les hôpitaux dans les soins et le transport des patients ainsi que les cantons pour la vaccination jusqu'au 31 mars 2022. A l'instar du Valais et du Jura, les cantons doivent faire une demande pour bénéficier du renfort si leurs moyens civils sont insuffisants. L'engagement étant supérieur à trois semaines, la décision du Conseil fédéral doit être avalisée par l'Assemblée fédérale.
Quelques jours plus tard, le Conseil fédéral a décidé d'un troisième engagement de la protection civile pour la vaccination et le traçage des contacts, d'un maximum de 100'000 jours de services d'ici au 31 mars 2022. Le coût estimé de l'opération devrait s'élever à CHF 2.75 millions.

Pour faire face à la vague de cas Covid d'octobre 2021, l'armée avait, pour la troisième fois depuis le début de la pandémie, mis un maximum de 2'500 soldats au service des cantons pour les soutenir dans la lutte contre le virus ainsi que dans leur campagne de vaccination. Dès décembre, les cantons, dont les ressources étaient inférieures à ce que la situation requérait (en termes de personnel et de matériel médical), ont pu faire appel à ce service. Un total de 25 demandes a été enregistré, ce qui correspondait, à son apogée, à 570 militaires répartis dans les cantons dans le besoin. Comme aucune nouvelle demande n'avait été enregistrée, l'armée a terminé son service au 19 février 2022. En cas de dégradation de la situation, les cantons pouvaient encore s'adresser à l'armée jusqu'au 31 mars 2022, ce qui n'a pas été nécessaire. Les coûts des deux premières actions de soutien s'élevaient à respectivement CHF 105.43 millions et CHF 45.9 millions. En ce qui concerne la troisième action, la douloureuse n'a pas encore été rendue officielle.

Jusqu'au 19 février 2022, l'armée suisse était mobilisée une troisième fois depuis le début de la pandémie pour soutenir le système de santé helvétique dans la lutte contre le Covid 19. En effet, plusieurs milliers de soldat.e.s ont notamment servi aux côtés du personnel de santé dans les hôpitaux et dans les centres de vaccination pour une durée équivalant à un cours de répétition.

Au début de l'année 2022, plusieurs journaux ont critiqué la mobilisation de l'armée suisse pour lutter contre la pandémie. Ainsi, en janvier, l'Aargauer Zeitung a publié un article qui a mis en lumière quelles conséquences les mobilisations ont eues sur le marché du travail à l'aide de quelques exemples. De même que pour le corps enseignant, qui à ce moment-là était largement touché par les cas covid, la mobilisation des soldat.e.s a accentué le manque de personnel. Aussi, la mobilisation de certains membres du corps médical a soustrait du personnel qualifié au système de santé pour parfois l'assigner dans les bureaux de l'armée.
En février, alors que la situation sur le front de la pandémie s'était calmée, la mobilisation s'est terminée. Peu après, des critiques se sont faites entendre du côté de la Confédération. Un audit du contrôle fédéral des finances (CDF) a dévoilé certaines failles du système helvétique durant les deux premières vagues de la pandémie. Au centre de la critique se trouve l'application du fédéralisme dans une situation de crise. Le rapport a notamment fait remarquer que des inégalités de traitement entre les cantons, tout comme une perte de temps, des coûts parfois trop élevés et même, dans le pire des cas, un danger pour les patient.e.s ont été notés. Certains journaux ont aussi souligné et critiqué que les cantons ont parfois profité de personnel militaire «offert par la Confédération» pour diminuer les heures supplémentaires de leur propre personnel ou encore réduire leurs coûts. Le Tages Anzeiger a ainsi donné l'exemple d'hôpitaux qui ont licencié leur service de sécurité afin de donner cette tâche aux soldat.e.s et gardes de la protection civile payés par l'État.
En replaçant les événements dans leur contexte, des différences ont été remarquées entre la première et la deuxième vague (ce qui laisse penser que certaines erreurs ont été corrigées) et il a été souligné par les rédacteurs du rapport que le but de ce feed-back n'est pas de décrier, mais de donner des pistes d'amélioration. En effet, en mettant le doigt là où ça fait mal, il a été cherché à comprendre pourquoi des failles ont été identifiées et comment est-ce qu'il faudrait faire pour améliorer la coordination entre la Confédération et les cantons en effectuant des changements de gestion au sein du gouvernement. C'est pourquoi après avoir pris connaissance de l'audit du CDF, la Confédération a admis que plus de transparence et de communication étaient nécessaires. En rendant l'administration plus attentive au fonctionnement du fédéralisme, le nombre d'erreurs et d'inégalités de traitement devraient pouvoir être diminuées.
En conclusion, la Confédération a encore du pain sur la planche pour permettre une gestion de crise parfaite au niveau fédéral, mais grâce aux observations du rapport, elle sait par quels changements il serait judicieux de commencer.

La Commission de gestion du Conseil des Etats (CdG-CE) a déposé un postulat demandant au Conseil fédéral d'évaluer l'importance globale de l'armée, de la protection civile et du service civil dans le soutien aux cantons durant la pandémie de Covid-19. Premièrement, la commission souhaite que les tâches et efforts fournis par l'armée et la protection civile, lors de mobilisations cantonales, soient analysés et que les coûts financiers, en ressources humaines et logistiques soient comptabilisés. Deuxièmement, la cohérence des processus internes de l'Administration fédérale par rapport à ces mobilisations sera passée au microscope. Finalement, il serait question de tirer des leçons de la mobilisation de l'armée et de la protection civile, en prévision de la gestion de futures crises. Ce postulat fait suite à un rapport rédigé par la CdG-CE. En mai 2020, cette dernière avait endossé sa fonction d’organe de haute surveillance parlementaire et avait décidé de lancer une inspection de la gestion de la pandémie de Covid-19. Les demandes du postulat sont ainsi tirées des analyses publiées dans le rapport de la CdG-CE (point 8.4.3). Le Conseil fédéral soutient le nouveau postulat. Durant les débats, Viola Amherd a souligné l'importance d'analyser les procédures internes à l'Administration fédérale et a conclu son argumentation par: «Wir können und müssen für die Zukunft lernen und uns noch verbessern». Le postulat a été adopté à l'unanimité par le Conseil des Etats.