In der Wintersession 2024 befasste sich der Ständerat als Zweitrat mit der Botschaft zur Finanzierung des Betriebs und Substanzerhalts der Bahninfrastruktur in den Jahren 2025–2028. Die KVF-SR beantragte ihrem Rat, den bundesrätlichen Beschluss mit einer Anpassung des Nationalrats – der Verlängerung des Rahmenkredits für Investitionsbeiträge an private Güterverkehrsanlagen um zwei Jahre – anzunehmen und somit dem Nationalrat in allen Punkten zu folgen. Marianne Maret (mitte, VS) erläuterte diese Position im Rat und kam zudem auch auf die kurz zuvor bekannt gewordenen Mehrkosten für den Ausbauschritt 2035 zu sprechen. Maret erwartete hier eine eingehende Prüfung der Alimentierung des BIF sowie grössere Diskussionen zur langfristigen Finanzierung der Bahninfrastruktur in der Schweiz.
In Anbetracht dieser Mehrkosten beantragte Damian Müller (fdp, LU) sodann, dass das Geschäft zur neuerlichen Prüfung an die Kommission zurückgewiesen werde: Diese solle zuerst überprüfen, ob die Finanzierung des Bahnausbaus über den BIF sichergestellt ist, bevor neue Gelder gesprochen werden. Gegen diesen Antrag wurden verschiedene Stimmen laut: Marianne Maret beantragte im Namen der Verkehrskommission, den Rückweisungsantrag abzulehnen. Die Kommission teile grundsätzlich die Bedenken Müllers, sie werde dazu verschiedene Anhörungen durchführen. Die Kommissionssprecherin wies dabei aber darauf hin, dass der Substanzerhalt und der Bahnausbau nicht vermischt werden dürfen. Auch verschiedene Mitglieder der KVF-SR meldeten sich zu Wort und beantragten allesamt, den Antrag Müller abzulehnen. Durch die Rückweisung des Geschäfts würde lediglich die Umsetzung wichtiger Projekte des Substanzerhalts verzögert, ohne dass die Mehrkosten im Bahnausbau reduziert werden könnten, wurde argumentiert. Die Problematik beim Bahnausbau müsse durch die Kommission eingehend, aber unabhängig vom Substanzerhalt geklärt werden. Teilweise Unterstützung fand Müller's Anliegen bei KVF-SR-Mitglied Hans Wicki (fdp, NW): Auch wenn Bahnausbau und Substanzerhalt zwar inhaltlich getrennt werden müssten, müsse die Finanzierung über den BIF gesamthaft gesichert sein. Mit einer Rückweisung könne die Finanzierung des BIF grundlegend geklärt werden, die Substanzerhaltsprojekte würden dadurch nur um wenige Monate verzögert. Bundesrat Albert Rösti ging in seinem Votum ebenfalls auf die möglichen Mehrkosten im Bahnausbau ein, beantragte jedoch die Ablehnung des Antrags Müller. Die CHF 14 Mrd., die als Mehrkosten für den Ausbauschritt 2035 angemeldet worden waren, müssten zuerst noch abschliessend überprüft werden. Danach werde das Parlament aber ein Mitspracherecht bei möglichen Projektpriorisierungen und bei Massnahmen zur Sicherung des BIF haben. Laut Bundesrat Rösti verfügt der BIF aktuell zudem über eine «genügend grosse Manövriermasse», um die Projekte der zur Debatte stehenden Vorlage zu finanzieren. Eine Rückweisung an die Kommission würde gemäss Rösti für die langfristige Sicherung des BIF keinen Mehrwert bringen, aber kurzfristig Probleme schaffen, da die Leistungsvereinbarungen mit den Bahnunternehmen nicht abgeschlossen werden könnten. Damian Müller zog seinen Antrag daraufhin zurück, forderte aber von der KVF-SR, die anfallenden Mehrkosten im Bahnausbau sowie die Alimentierung des BIF eingehend zu prüfen.
Im Anschluss stellte sich der Ständerat in der Detailberatung beinahe oppositionslos hinter die Vorlage in der vom Nationalrat verabschiedeten Variante. Den ersten Teil der Vorlage betreffend den Bundesbeschluss über den Zahlungsrahmen für die Finanzierung des Betriebs und Substanzerhalts der Bahninfrastruktur und der Systemaufgaben in diesem Bereich in den Jahren 2025–2028 nahm die kleine Kammer einstimmig und ohne Änderungen am bundesrätlichen Entwurf an. Der Verpflichtungskredit für Investitionsbeiträge an private Güterverkehrsanlagen in den Jahren 2025-2028 wurde ebenfalls diskussionslos gutgeheissen. Die zugehörige Ausgabenbremse löste der Ständerat mit 42 zu 1 Stimmen (0 Enthaltung) und die Gesamtabstimmung fiel mit 41 zu 1 Stimmen ohne Enthaltungen zugunsten des bundesrätlichen Entwurfes aus. Der dritte Teil der Vorlage, in welchem der Rahmenkredit für Investitionsbeiträge an private Güterverkehrsanlagen in den Jahren 2021-2024 gemäss Nationalratsbeschluss um zwei Jahre verlängert werden sollte, wurde ebenfalls einstimmig angenommen. Damit waren alle drei Teile der Vorlage definitiv angenommen und die Beratung des Geschäfts im Parlament erledigt.
Botschaft zur Finanzierung des Betriebs und Substanzerhalts der Bahninfrastruktur, der Systemaufgaben in diesem Bereich und zu Investitionsbeiträgen an private Güterverkehrsanlagen in den Jahren 2025–2028 (BRG 24.045)